在古希臘，愛奧尼亞人?Anaxagoras派首先發起了這場辯論，該辯論假定物體由“精子”組成，可以無限期地劃分。另一方面，具有大師級研究關系的小組如Leukippos，Democritus和Epicurus提倡原子理論，即不可分離的粒子原子是物質的最小單位。

古希臘的原子主義沒有被人們廣泛接受，并且在大約2000年的時間里，這個概念已被歐洲大多數人所忽略。

在伊斯蘭理論神學（卡拉姆）中，有一些例外，據說本體論的基礎是原子理論。賈瓦爾（Jawhar）的頭銜是Juz'la yatajazza'u（無法再分開的部分），對應于一個原子。但是，存在“ arad”作為另一個存在單位，原子始終與偶數相連，偶數和原子在上帝創造的下一刻消失。賈哈爾·法德結合在一起形成了一個所謂的物體，物體（原子）的所有變化都由神的存在來解釋，而物體之間的關系也被否定了。在伊斯蘭原子論中（不是試圖像西方原子論那樣從機械上解釋世界），世界是穆罕默德，而創造世界的是上帝。 神是世界占主導地位，直接和描述。

但是，有多種類型的解釋，并且Assurian學校不承認偶然性的持續存在，所有原子的結合，分離，生成和變化都與上帝的創造行為有關。和而解釋，mu`tazila是與例外的一些應急性是持續的，而人類行為的選擇可能性，承認自然界的秩序。

關于空間的結構，有人爭辯說它是連續的還是是否存在一個最小的單元，例如原子，但后者更占優勢。另外，關于真空，既有承認存在的論據，也有不承認存在的論據。

伊斯蘭原子理論的起源尚不清楚，包括古希臘起源理論，印度起源理論和獨立理論。

當笛卡爾采用“原子”的概念時，他認為不可能回答為什么它不可分離的問題，并且所有粒子都是可分離的（否定原子論）。

自16世紀以來，化學進步了，Laboage，Dalton等人提出了元素的概念作為物質的組成部分。他們的理論被認為是現代原子理論的源頭。

但是即使在20世紀初，主流/多數科學家仍然認為物質中的成分（甚至是中間單元）存在可疑的理論，包括公眾我認為沒有一個名為Atom的部門。在19世紀末發現電子之前，已知存在的最小物體是可過濾的病原體（后來被確認為病毒）。

例如，馬赫和奧斯特瓦爾德以及，經驗主義反對原子論從的，“原子”所作的觀點來看事情真的存在由“原子”，以原因，例如因為它是不可觀察的，熱力學堅持。然后，他與年輕的玻爾茲曼（Boltzmann）進行了激烈的爭論，玻爾茲曼開始在論文中發表他試圖基于原子理論的思想來計算熱現象的內容。關于這一爭議，愛因斯坦在1905年發表的論文中有關布朗運動的理論（假設）和佩倫在?1909年進行的實驗驗證（研究包括對愛因斯坦理論的驗證在左側）。一旦認識到存在一些顆粒，就解決了。但是，馬赫（Mach）在1913年的著作中批評了原子論，皮埃爾·杜姆（Pierre Duem）在1914年的著作中批評了原子論。自從1916年Mach和Duem逝世以來，很少有科學家反對原子理論。順便說一句，這個原子存在的證據是在電子發現之后。

現在，自然科學家認識到某種粒子單元的存在，這是許多反對派以前所擁有的，使其成為有用的概念工具，可用于構建自然科學領域的理論。