電子商務支付系統（或電子支付系統），便于接受的電子支付為網上交易。電子商務支付系統也被稱為電子數據交換（EDI）的子組件，由于基于Internet的購物和銀行業務的廣泛使用，它變得越來越流行。

信用卡仍然是電子商務交易的最常見付款方式。截至2008年，在北美，幾乎90％的在線零售交易都是使用這種付款方式進行的。由于其廣泛使用，如果不支持信用卡和借記卡，在線零售商將很難運營。在線商家必須按照借記/貸記服務開展業務所在國家/地區的銀行和金融法規，遵守信用卡和借記卡發卡行（例如Visa和Mastercard）所制定的嚴格規定。

信用卡是一種流行的在線支付方式，但由于交易費用的原因，商家接受信用卡的價格可能很高。借記卡是具有類似安全性的絕佳替代品，但收費通常便宜得多。除了基于卡的支付外，還出現了其他支付方式，有時甚至占據了市場領導地位。

這是一個不涉及任何物理卡的系統。由啟用了Internet銀行帳戶的客戶使用。在此系統中，付款網關無需在購買者的網站上輸入卡的詳細信息，而是允許其指定希望從哪個銀行付款。然后，將用戶重定向到銀行的網站，在該網站上可以進行身份??驗證然后批準付款。通常，還會有某種形式的兩因素身份驗證。

通常認為它比使用信用卡更安全，因為與信用卡號相比，黑客更難獲得登錄憑據。對于許多電子商務商人而言，為客戶提供使用其銀行帳戶中的現金付款的選項可以減少購物車放棄的情況，因為它提供了一種無需信用卡即可完成交易的方式。

在發展中國家，許多人無法使用銀行服務，尤其是在二線和三線城市。以印度為例，手機用戶比擁有有效銀行賬戶的人更多。在這樣的位置，電信運營商已經開始提供移動貨幣錢包，通過訪問其家和辦公室附近的實物充值點并將其現金轉換為移動錢包貨幣，可以通過現有的移動訂戶號碼輕松添加資金。這可用于在線交易和電子商務購買。