有機肥料，來源于動物物質、動物排泄物（糞便）、人的排泄物，以及植物性物質（如堆肥和作物殘余物）。天然存在的有機肥料包括肉類加工、泥炭、肥料、淤漿和鳥糞中的動物廢物。

相反，商業化農業中使用的大多數肥料是從礦物（例如磷礦石）中提取的，或者是工業化生產（例如氨水）的肥料。有機農業是一種農業系統，允許使用某些肥料和改良劑，而禁止使用其他肥料；這也與此主題不同。

主要的有機肥料是泥炭、動物糞便（通常來自屠宰場）、農業產生的植物廢料和經處理的污水污泥。

根據許多定義，礦物質與有機材料是分開的。但是，會開采某些有機肥料及其改良劑，特別是鳥糞和泥炭。其他開采的礦物是動物活動的化石產品，例如綠沙（厭氧性海洋沉積物），一些石灰石（化石殼沉積物）和一些磷酸鹽巖（化石鳥糞）。

煤的前身泥炭對植物沒有營養價值，但通過通氣和吸收水分改善了土壤。有時它被認為是使用最廣泛的有機肥料，按體積計算是最主要的有機改良劑。

動物來源的材料包括動物糞便和來自動物屠宰的殘留物。糞便來源于產奶的奶牛動物、產蛋的家禽以及飼養肉和皮的動物。屠宰任何動物時，只有約40％至60％的活體動物轉化為市場產品，其余40％至60％被歸為副產品。這些動物屠宰的副產品（大部分是不可食用的）-血液、骨頭、羽毛、皮革、蹄、牛角-可以提煉成農業肥料，包括血粉、骨粉、魚粉和羽毛粉。

雞糞，它由雞糞與鋸末混合的，是已經提出的是優越的用于有機肥料調節土壤收獲比合成肥料。

加工過的有機肥料包括堆肥、腐殖酸、氨基酸和海藻提取物。其他實例是天然酶消化的蛋白質。分解往年的農作物殘余物（綠肥）是肥力的另一個來源。

ARS的其他研究發現，用于捕獲農田中氮和磷徑流的藻類不僅可以防止這些營養物質的水污染，還可以用作有機肥料。ARS科學家最初開發了“藻類草皮洗滌器”，以減少養分徑流并提高流入溪流、河流和湖泊的水的質量。他們發現，這種富含營養的藻類一旦干燥，就可以施用于黃瓜和玉米幼苗，其生長效果可與使用合成肥料相比。

污水污泥，也稱為生物固體，是一種經過處理、混合、堆肥、有時干燥的廢水，直到被認為具有生物安全性為止。作為肥料，它最常用于非農作物，例如造林或土壤修復。在農業生產中使用生物固體不太普遍，美國農業部國家有機計劃（NOP）規定，美國有機食品生產中不得使用生物固體。雖然是生物來源（相對于礦物），但由于有毒金屬積累、藥物、激素和其他因素，污泥是不可接受的。

由于擔心人類傳播的病原體，加上人們越來越喜歡沖水馬桶和集中式污水處理，生物固體已經替代了夜間土壤（來自人類排泄物），這是一種經過最少處理的傳統有機肥料。