功能醫學是替代醫學的一種形式，包含許多未經證實和未經證實的方法和治療。其支持者聲稱，它基于環境與胃腸道、內分泌和免疫系統之間的相互作用，著重于疾病的“根本原因”，以制定“個體化的治療計劃”。它被描述為偽科學、庸醫、本質上是補充醫學和替代醫學的品牌重塑。

支持者模糊地定義了功能醫學的學科。腫瘤學家戴維·戈爾斯基（David Gorski）寫道，模糊性是使功能醫學難以挑戰的一種故意策略，但總的來說，其實踐集中在以“整體”醫療保健的名義執行的不必要且昂貴的測試程序上。

支持功能醫學的人反對既有的醫學知識并拒絕其醫學模型，而是采用基于“先行者”、“觸發者”和“中介者”概念的疾病模型。這些分別對應于某人疾病的根本原因，直接原因和特定特征。功能醫學從業者將從這些事物中設計出一個“矩陣”，作為治療的基礎。

治療、實踐和概念通常將是沒有醫學證據支持的治療、實踐和概念。

功能醫學從業者聲稱要診斷和治療研究研究發現不存在的疾病，例如腎上腺疲勞和人體化學反應中的許多失衡。功能醫學的主要人物喬·皮佐諾（Joe Pizzorno）聲稱，美國25％的人患有重金屬中毒，需要接受排毒。

2014年，美國家庭醫師學會取消了對功能醫學課程的學分授予，認為其某些治療方法是“有害和危險的”。2018年，它部分解除了禁令，但只是為了允許對課程進行概述對功能醫學，不要教其實踐。

中心的功能xxx在開幕克利夫蘭診所基金會和喬治·華盛頓大學已經戈斯基描述為偽科學的“不幸”的例子騙術浸潤醫療學術界。

功能醫學是化學家杰弗里·布蘭德（Jeffrey Bland）發明的。他和蘇珊·布蘭德（Susan Bland?）于1991年作為HealthComm的一個部門成立了功能醫學研究所（IFM）。FTC發現Bland及其公司在1995年提出了更為夸大的主張，從而違反了該同意令。據說UltraClear飲食計劃可緩解胃腸道問題、炎癥和免疫問題、疲勞、食物過敏、接觸汞、腎臟疾病和類風濕關節炎。這些公司被迫支付45,000美元的民事罰款。

自然療法從業者和巴斯蒂爾大學的創始人約瑟夫·皮佐諾（Joseph Pizzorno）是IFM的董事會成員。