土壤管理是保護土壤并增強土壤性能（例如土壤肥力或土壤力學）的操作，實踐和處理方法的應用。它包括土壤保護、土壤改良和最佳土壤健康。在農業中，無論是非有機類型還是有機類型，都需要一定數量的土壤管理，以防止幾十年來農業用地的生產力下降。有機農業特別強調最佳土壤管理，因為有機農業將土壤健康作為施肥和肥料的專有或幾乎專有來源。

根據EPA的規定，農業土壤管理實踐可能導致主要溫室氣體和空氣污染物一氧化二氮（N?₂?O）的產生和排放。可能導致N?₂?O排放的活動包括肥料使用，灌溉和耕作。土壤管理占農業部門排放量的一半以上。牛牲畜占甲烷排放的三分之一。糞便管理和水稻種植也會產生排放。使用生物炭可減少N?₂土壤中的O排放量平均減少了54％。在農業領域中使用人工肥料會導致土壤營養失衡。

土壤可通過光合作用將碳作為土壤有機碳（SOC）進行存儲，從而從大氣中隔離二氧化碳（CO?₂）。CO?₂也可以以無機碳的形式存儲，但這不太常見。將自然土地轉化為農業土地會將碳釋放回大氣中。土壤可吸收的碳量取決于氣候以及當前和歷史上土地的使用和管理。農田有可能封存0.5-1.2 Pg C /年，而牧場和牧場可以封存0.3-0.7 Pg C /年。固碳的農業實踐可以幫助緩解氣候變化。集約化耕種使土壤的功能惡化。

顯著增強土壤碳固存的方法包括免耕農業、覆蓋秸稈、覆蓋作物和輪作作物，所有這些方法在有機農業中的使用比在常規農業中更為廣泛。

常規農業受工業化驅動，旨在xxx程度地提高效率。做法包括專門從事單一養殖并使用農藥，除草劑和肥料的大規模農業。替代方案包括保護性農業，可再生農業和有機農業，它們可以大致分為可持續農業。保護性農業有三種主要做法：xxx程度地減少土壤干擾，保持xxx性土壤覆蓋以及使作物種類多樣化。同樣，再生農業的做法很少使用耕作，甚至不用耕種、覆蓋農作物、輪作、堆肥和放牧。有機農業結合了大多數這些做法，并強調生物管理而非合成管理。有三種總體方法可以改善土壤中的碳固存：增加生物量輸入，減少SOC損失以及增加SOC的平均停留時間（MRT）。

影響土壤健康的具體土壤管理措施包括：

• 控制土壤表層的交通有助于減少土壤的緊實度，從而減少通氣和水的滲透。
• 種植能在淡季保持土壤固著和覆蓋的覆蓋作物，以免土壤被風吹雨打侵蝕。
• 大田作物的輪作將高殘留作物與低殘留作物交替種植，以增加一年中留在土壤表面的植物材料的量，以保護土壤免遭侵蝕。
• 營養管理可以幫助提高土壤肥力和有機質含量，從而改善土壤結構和功能。
• 耕作土壤或耕作是指用犁或耙等方法破壞土壤，為新種子做準備。耕作系統的強度和干擾程度各不相同。常規耕作是最密集的耕作制度，會擾亂土壤的最深層。保護性耕作中至少有30％的植物殘留物留在土壤表面。減耕或免耕操作限制了耕作新作物時土壤擾動的數量，并有助于在土壤表面保持植物殘體，以防侵蝕和保水。
• 在土壤表面添加有機物質可以增加土壤中的碳，并增加土壤中微生物的多樣性。
• 使用肥料會增加土壤中的氮、磷、硫和鉀等養分。除鉀肥外，肥料的使用會影響土壤的pH值并經常使土壤酸化。肥料可以是有機的或合成的。