裸子植物共有5個門約14科88屬超過一千種，種子植物的另一主要類群為被子植物，而胚珠則是在心皮（一個邊緣相接的胞子葉）內。裸子植物這個名稱源自希臘語“gymnospermos”，意指“裸露的種子”，因為裸子植物的胚珠xxx沒有子房壁保護，故稱做裸子植物。

裸子植物會產生孢子，有發展成花粉的“小孢子”和留在胚珠里的“大孢子”兩種。當受精（大孢子和小孢子結合）之后，形成的胚芽便會和其他細胞組成胚珠，并發展成種子。

在早期的分類里，裸子植物被認為是一個“自然”的群體。但是，一些化石的發現猜測被子植物可能演化自一裸子植物的祖先，這將使得裸子植物形成一個并系群，若將所有滅絕的物種都考慮進來的話。現代的親緣分支分類法只接受單系群的分類，可追溯至一共同的祖先，且包含著此一共同祖先的所有后代。因此，雖然“裸子植物”一詞依然廣泛地被使用來指非被子植物的其他種子植物，但之前一度被視為裸子植物的植物物種一般都被分至五個類群中，以讓植物界內的門都有著相同的階層。

考慮其他已滅絕的裸子植物，現存物種的分子種系發生學已和其對于開花植物是組成一單系群或并系群的形態類別相沖突。而還在爭議上的還有，買麻藤門會是被子植物的旁支，亦或是其他已滅絕的裸子植物之旁支或同源。