生物勘探，是天然源的探索的小分子、大分子，可能發展成和生化和遺傳信息市售有價值的產品為農業的水產養殖、生物修復、化妝品、納米技術或藥物行業。

陸生植物，真菌和放線菌一直是許多過去的生物勘探計劃的重點，但人們對探索較少的生態系統（例如海洋）和生物體（例如粘細菌、古細菌）的興趣日益濃厚，以此來鑒定新的化合物生物活動。可以根據生態、民族生物學、民族、歷史或基因組信息對物種進行生物活性隨機篩選或合理選擇和篩選。

農業中用于生物勘探的資源和產品包括生物肥料，生物農藥和獸用抗生素。 根瘤菌是用作生物肥料的土壤細菌的一種，蘇云金芽孢桿菌（也稱為Bt），而番紅花苷（從植物番荔枝的種子中獲得）是生物農藥的實例。

用于生物修復的生物勘察產品的例子包括雞肋天牛和Phanerochaete chrysosporium衍生的漆酶，用于處理啤酒廠 廢水以及造紙廠廢水脫氯和脫色。

從生物勘測獲得化妝品和個人護理產品包括紫球藻衍生的寡糖和oligoelement共混物用于治療紅斑（酒渣鼻、沖洗和黑眼圈），自養黃色桿菌衍生的玉米黃質用于皮膚水化和UV保護，梭菌組織分解蛋白衍生的膠原酶，用于皮膚再生和小孢子衍生的角蛋白酶用于脫毛。

由于微生物 漆酶具有廣泛的底物范圍，因此它們可用于生物傳感器技術中以檢測各種有機化合物。例如，包含漆酶的電極被用來檢測多酚化合物在酒和木質素和酚在廢水。

許多的抗菌藥物目前臨床使用的是通過生物勘探，包括發現β內酰胺類抗生素、氨基糖苷類、四環素類、酰胺醇類、多粘菌素、大環內酯類，截短側耳素、糖肽類、利福霉素、林可酰胺類、鏈陽性和膦酸抗生素。例如，?氨基糖苷類抗生素鏈霉素是從土壤細菌灰鏈霉菌中發現的從土壤真菌Acremonium fusidioides中發現了呋喃丹抗生素夫西地酸，并從擔子霉菌Clitopilus passeckerianus中發現和開發了截短側耳素抗生素（如lefamulin）。

CBD設定的生物勘探要求已創建了國際專利和貿易法，生物勘探合同的新分支。生物勘探合同規定了研究人員與國家之間利益共享的規則，并且可以將特許權使用費分配給欠發達國家。但是，盡管這些合同是基于事先知情同意和補償（與生物盜版不同），但并非總是會征詢或補償土著知識和資源的每個所有者或載體，因為很難確保每個人都被包括在內。因此，有人建議土著或其他社區組成一種代議制的微觀政府，該微觀政府將與研究人員進行談判，以使社區從安排中受益的方式訂立合同。不道德的生物勘探合同（與道德的合同不同）可以被視為一種新的生物盜版形式。

生物勘探合同的一個例子是之間的協議默克和國家生物多樣性研究所的哥斯達黎加。