無菌加工是一種加工技術，其中將在商業上經過熱滅菌的液體產品（通常是食品或藥品）在無菌條件下包裝到預先滅菌的容器中，以生產不需要冷藏的貨架穩定產品。無菌加工幾乎已完全取代了容器內對液態食品的滅菌，包括牛奶、果汁和濃縮液、奶油、酸奶、色拉調料、液態蛋和冰淇淋混合。包含細小離散顆粒的食品越來越受歡迎，例如干酪、嬰兒食品、番茄產品、水果和蔬菜、湯和米飯甜點。

無菌加工涉及三個主要步驟：產品的熱滅菌，包裝材料的滅菌以及包裝過程中的無菌性。為確保商業無菌，要求無菌加工設施保持生產操作的適當記錄，表明在設施的所有區域均達到并維持了商業無菌條件。任何違反加工或包裝系統計劃流程的行為都意味著必須對受影響的產品進行破壞，重新加工或隔離，并進行進一步評估。另外，在可以繼續進行處理和/或包裝操作之前，必須清潔和重新消毒處理和包裝系統。包裝設備和包裝材料用各種介質或介質的組合滅菌。

無菌加工通過快速熱處理，緊隨其后的保溫時間和快速冷卻來保持食品質量。與食品經過高溫加工的罐頭相比，無菌加工提供的快速熱處理可以更好地保留食品的熱敏特性。

無菌加工食品的風味變化很小。乳制品可能會因暴露于巰基而具有熟味。隨著巰基氧化，風味在儲存過程中降低。經過嚴格處理的牛奶由于蛋白水解會產生苦味。

乳制品可能會變色，這是由美拉德褐變引起的。這取決于還原糖的量，吡菌素和黑素的形成，處理的嚴重程度以及儲存溫度。

植物色素、胡蘿卜素和甜菜堿，不受影響，而葉綠素和花青素的減少最小。

與罐裝產品相比，經過無菌加工的肉更不容易變硬。

果汁粘度不受影響。由于果膠材料的溶解和細胞膨脹的喪失，經過加工的水果和蔬菜切成薄片比未加工的薄片要柔軟。

無菌加工通過在91°C至146°C的溫度范圍內進行的快速加熱過程實現了無菌，并且加工最少。由于與罐裝等常規滅菌相比，無菌加工所用的加工時間和溫度范圍明顯較低，因此，無菌加工的產品能夠保留更多的營養。核黃素、泛酸、生物素、煙酸和維生素B6不受影響。大約10％的硫胺素和維生素B12，大約15％的葉酸和吡ido醇以及大約25％的維生素C在無菌過程中會丟失。