菌絲體是真菌或真菌狀細菌群落的營養部分，由大量分支、螺紋狀菌絲組成。菌絲的質量有時被稱為shiro，特別是在仙女圈真菌中。由菌絲組成的真菌菌落存在于土壤和許多其他基質上。典型的單孢子發芽成單核菌絲，不能有性繁殖；當兩個兼容的單核菌絲體連接并形成雙核菌絲體時，該菌絲可能形成蘑菇等結果體。菌絲可能是微小的，形成一個太小而看不見的殖民地，或者可能像阿米利亞一樣跨越數千英畝。

通過菌絲，真菌從環境中吸收營養。它分兩階段完成。首先，菌絲將酶分泌到食物來源或食物來源中，將生物聚合物分解成更小的單位，如單體。然后，這些單體通過促進擴散和主動運輸被吸收到菌絲中。

菌絲體在陸地和水生生態系統中至關重要，因為它們在植物材料分解中的作用。它們有助于土壤的有機部分，它們的生長將二氧化碳釋放回大氣中。外霉菌性菌絲體外菌絲體，以及叢菌根菌絲菌絲，提高了大多數植物的水和營養吸收效率，并賦予了對某些植物病原體的抗藥性。菌絲是許多土壤無脊椎動物的重要食物來源。

“菌絲體”和“真菌”一樣，可以被認為是一個質量名詞，一個可以是單數或復數的單詞。然而，術語“真菌”與“真菌”一樣，經常被用作首選的復數形式。

角膜是致密或堅硬的菌絲體。

真菌在生態系統中的主要作用之一是分解有機化合物。石油產品和一些殺蟲劑（典型的土壤污染物）是有機分子（即它們建立在碳結構上），因此顯示了真菌的潛在碳源。因此，除非化學品證明對真菌有毒，否則真菌有可能從其環境中根除此類污染物。這種生物降解是一個被稱為生物修復的過程。

有人認為菌絲墊具有生物過濾器的潛力，可以去除土壤和水中的化學物質和微生物。使用真菌菌絲來實現這一目標被稱為菌絲過濾。

了解菌根真菌和植物之間的關系，為提高作物產量提出了新方法。

當在伐木道路上傳播時，菌絲可以作為粘合劑，將新土壤固定在原地，并防止沖刷，直到木本植物建立。

自2007年以來，一家名為Ecovative Design的公司一直在通過在農業廢物中種植菌絲來開發聚苯乙烯和塑料包裝的替代品。這兩種成分混合在一起，放入模具中3-5天，以生長成耐用的材料。根據所使用的菌絲的應變，它們制造了許多不同的材料品種，包括吸水劑、阻燃劑和介質。

2013年，另一家公司（MycoWorks）開始生產菌絲體家具、菌絲磚和菌絲皮革。Bolt Threads是另一家使用菌絲制造假“皮革”的公司，被稱為“Mylo”，該皮革已被納入斯特拉·麥卡特尼的設計中。

真菌對于將生物量轉化為堆肥至關重要，因為它們分解木質素等原料成分，而許多其他堆肥微生物無法分解。翻轉后院堆肥堆通常會暴露內部腐爛的有機材料上形成的可見菌絲體網絡。堆肥是有機農業和園藝必不可少的土壤改良和肥料。堆肥可以轉移很大一部分城市固體廢物從垃圾填埋場。