彌生人

彌生人主要是公元前1000年左右從朝鮮而來，以小米和水稻農業為生計方式。彌生人在多大程度上代表了蒙古國、內蒙古以及俄羅斯遠東地區的新石器時代祖先人群。但是，伴隨著彌生農業文化的擴散，原始日本人群與青銅時代來自朝鮮半島的移民發生了遺傳混合，并促成了原始日語的形成。

彌生人是指彌生文化時代，又叫彌生時代的原始人，約在公元前300年－公元3世紀中葉，因代表該時期文化特征的陶器，最初發現于日本東京都文京區彌生町，所以稱為彌生人。

日本彌生時代住屋，圖為居住遺址復原

日本本土大和人大多是彌生人的后裔，但也有和繩文人的混合體。據估計，繩文人的祖先遺傳常染色體dna少于12%。2019年日本國立科學博物館研究團隊最近的研究表明，日本人大多來自彌生人，彌生人基本上取代了當地的繩文人。對日本繩文人和現代日本樣品的線粒體DNA分析表明，繩文人時代居民和現代日本人的線粒體DNA存在不連續性。這個發現暗示日本人的基因轉換可能發生在古墳時代或古墳時代之前。可能是彌生時代的時候，原住民繩文人和彌生人發生了沖突，彌生人在武器各方面比繩文人還要先進，而繩文人還是處于石器時代，因此落后于彌生人。因此繩文人在這場沖突中失敗，往北海道島遷移。而到了古墳時代繩文人己經完全和彌生人融合形成大和民族了。

2012年11月1日，《朝日新聞》稱日本國立遺傳學研究所分析得出北海道阿伊努民族與沖繩人在遺傳性特征上具有共同之處。雖然在本州和九州等地方，主要為繩文人和大陸來的彌生人的混血更多，但相隔較遠的北海道和沖繩兩個地區似乎留有較多繩文系的遺傳特征。據稱，在遺傳基因上證實日本人為彌生人與繩文人混血而成的。

彌生人和繩文人的頭蓋骨

日本國立遺傳學研究所分析得出北海道阿伊努民族與沖繩人在遺傳性特征上具有共同之處。遺傳學研究所和東京大學等在研究中注意到，DNA中單個堿基發生變異的SNP特征會因民族和地區而有所不同。已經比較日本本州等地243人，阿伊努民族36人，沖繩人35人，中國人（北京的漢族人）等約90萬處的SNP。其中，阿伊努民族的DNA是30年前保存的。