屋頂清潔是去除的過程中藻類、霉菌、霉、地衣和苔蘚從屋頂。還可以清除金屬屋頂上的氧化。清潔可以延長屋頂功能的持續時間。藻類和其他類型的堆積物通常出現在屋頂的北面和西面，這些部分被遮蔽或受到較少的陽光照射，并且會降低屋頂的預期壽命。煤煙、污垢或生物質的存在會影響屋頂吸收的陽光量，從而影響建筑物吸收的熱量。

可以使用漂白劑或過碳酸鈉溶液、各種清潔產品或商業清潔服務來完成清潔。瀝青屋面制造商協會(ARMA)建議使用家庭強度次氯酸鈉（池氯）和水的50/50溶液去除苔蘚和藻類。在屋頂峰頂附近添加鋅條可能會減少藻類和苔蘚的再生。硫酸鋅也可以每年施用一次。

清潔屋頂的一種安全有效的方法是電動農業噴霧器系統。該設備用于涂抹清潔液（通常含有漂白劑），以殺死屋頂上生長的藻類、細菌、霉菌、霉菌、苔蘚、真菌和其他有機生物。

這個過程被稱為軟洗。該設備不使用壓力或機械方式清潔屋頂。使用高壓清洗機或任何其他氣體動力設備以超過100PSI的壓力清潔屋頂可能會損壞屋頂。美國瀝青屋面制造商協會指定使用漂白劑清潔溶液，而不使用高壓清洗機，從屋頂去除藻類。ARMA不鼓勵使用高壓清洗機，用于清潔屋頂的平面清潔器或任何其他機械設備。使用高壓清洗機無法實現安全、有效的軟清洗，因為文丘里裝置（下游）無法獲得足夠強度的溶液來殺死有機體，清潔屋頂。在高壓清洗機上使用不同的尖端，以便將壓力降至500psi(3,400kPa)左右或更低，這依賴于設備的壓力，而不是化學品來清潔屋頂。

切勿使用高壓清洗機，因為這可能會損壞屋頂。屋頂清潔設備的存在可以xxx限度地減少空氣中放射性物質（在受污染區域）和其他有害物質（如石棉）的傳播。專門設計的機器人有助于清潔屋頂。