折疊線性聚合物的電路拓撲是指其分子內接觸的排列。具有分子內接觸的線性聚合物的例子是核酸和蛋白質。蛋白質通過形成各種性質的接觸而折疊，包括氫鍵、二硫鍵和β-β相互作用。基因組中的聯系是通過包括CTCF和黏附素在內的蛋白質橋建立的，并通過包括Hi-C在內的技術進行測量。電路拓撲對這些物理接觸的拓撲排列進行分類，稱為硬接觸。此外，鏈條可以通過打結（或形成軟接觸）折疊。電路拓撲使用類似的語言對軟接觸和硬接觸進行分類，并提供折疊線性鏈的完整描述。折疊鏈的一個簡單示例是具有兩個硬觸點的鏈。對于具有兩個二進制觸點的鏈條，可以使用三種排列方式：并聯、串聯和交叉。對于具有n個觸點的鏈，拓撲可以用一個n×n矩陣來描述，其中每個元素說明一對觸點之間的關系，并且可以采用P、S和X這三種狀態中的一種。多價觸點也可以是完全分類或通過分解成幾個二進制聯系人。

類似地，電路拓撲允許對鏈交叉和纏結的成對排列進行分類，從而提供折疊鏈的完整3D描述。電路拓撲結構對折疊動力學和分子進化具有重要意義，并已應用于工程聚合物，包括蛋白質折紙。電路拓撲以及接觸順序和尺寸是線性聚合物折疊率的決定因素。細胞蛋白質組和天然RNA的拓撲結構反映了生物分子結構的進化限制。可以表征生物分子的拓撲景觀，并且可以將分子的進化作為景觀內的過渡途徑進行研究。