在超分子化學中，分子封裝是將客體分子限制在超分子主體分子（分子膠囊、分子容器或籠狀化合物）的空腔內。超分子主體分子的例子包括carcerands和內嵌富勒烯。

封裝的一個重要含義是來賓的行為與其在解決方案中的行為方式不同。客體分子往往是非反應性的，并且通常具有獨特的光譜特征。通常在溶液中高度不穩定的化合物，如芳烴或環庚四烯，在分子封裝時已在室溫下分離。

DonaldCram及其同事證明了在分子水平上封裝結構的xxx個例子；[1]他們能夠在室溫下通過將其封裝在半球形中來分離高度不穩定的抗芳香環丁二烯。環丁二烯的分離使化學家能夠通過實驗證實對芳香性規則最基本的預測之一。在另一個例子[2]中，籠子由位于四面體邊緣的6個雙齒兒茶酚酰胺配體穩定的鎵四面體簇化合物組成。客體是一個16電子，因此非常活潑的釕茂金屬（一種有機金屬催化劑），帶有一個環戊二烯基配體（紅色）和一個1,3,7-辛三烯配體（藍色）。該陰離子的總電荷為11，抗衡離子為5個四甲基銨陽離子和6個鉀陽離子。釕化合物在幾分鐘內在水中分解，但封裝后在水中可存活數周。大型金屬組件，稱為金屬棱鏡，包含一個構象靈活的空腔，允許它們承載各種客體分子。這些組件已顯示出作為向癌細胞輸送藥物的潛力。封裝的一個應用是控制反應性、光譜學和結構。

例如，游離1-phenyl-3-tolyl-2-proponanone（縮寫為A-CO-B）的激發態反應產生產物AA、BB和AB，它們是由自由基A?和B的脫羰基隨機重組產生的?。然而，相同的底物在封裝后會發生反應，產生受控的重組產物AB和重排產物（A-CO-B的異構體）。其他應用：

• 將自組裝雙銅復合物的細絲封裝在聚合物納米線中。

根據慕尼黑歐洲食品與營養科學研究所的食品化學家UdoPollmer的說法，酒精可以分子包裹在糖衍生物環糊精中。通過這種方式，封裝在小膠囊中，流體可以作為粉末處理。環糊精可以吸收其自身重量的大約60%的酒精。該工藝早在1974年就已為該工藝注冊了一項美國專利。