糖類命名法
編輯糖類命名法是對糖類的系統命名,糖類是所有生物體制造的基于碳水化合物的聚合物。一般來說,糖類可以用以下方式表示。(i)文本格式。這些包括常用的CarbBank、IUPAC名稱和其他幾種類型;(ii)符號格式。這些包括糖類的符號命名法和牛津記號。
糖類命名法的歷史
編輯在十九世紀初,糖分子的名稱是根據它們的來源確定的。例如,葡萄糖被稱為葡萄糖(Traubenzucker),蔗糖被稱為甘蔗糖(Rohrzucker)。1838年,葡萄糖的名字被創造出來;隨后在1866年,Kekulé提出了"葡萄糖"的名字,因為葡萄糖是右旋糖。科學界決定,糖類應該用結尾"-ose"來命名,然后與法語中代表細胞的"cellule"相結合,形成了纖維素這個術語。由于單糖的經驗成分可以表示為Cn(H2O)n,它們被稱為"碳水化合物"(法語"hydratedecarbone")。
文本格式
編輯為了更準確地表達聚糖的結構信息并達到社區的特定目的,我們設計了幾種獨特的格式,并在不同研究小組和組織開發的不同碳水化合物數據庫中使用。
CarbBank
編輯CarbBank格式最初來自CarbBank,一個復雜碳水化合物結構數據庫(CCSD)的數據庫管理系統。CarbBank是由喬治亞大學復雜碳水化合物研究中心(CCRC)的研究人員創建的。
IUPAC
編輯IUPAC是國際純粹與應用化學聯盟,他們提出了一個代表復雜碳水化合物的命名法,稱為2-Carb。IUPAC的命名法提供了三種形式來表示糖類。擴展形式。在這種形式下,一個單糖單位用一個給定的符號表示,在異構體描述符和構型符號之后。一個斜體字母用來表示環的大小,例如f代表呋喃糖,p代表吡喃糖。符號之間的括號用于提供連接的位置,雙頭箭頭用于顯示兩個異構體位置之間的連接。濃縮形式。這種格式取消了構型符號和表示環的大小的字母。一般來說,構型是D(除了巖藻糖和衣康酸一般是L構型),環是吡喃糖形式(除非明確提到是其他形式)。圓括號是用來寫異構體描述符和定位符的。簡短形式。
通常希望通過取消異構碳原子的位置詞、連接位置詞周圍的括號和連字符,來縮短符號。此外,借助適當的括號(包括小括號和方括號),可以在同一行中顯示分支。LINCUS用于獨特描述碳水化合物序列的線性符號(LINCUS)是Glycosciences.de中使用的一種格式。這種格式的目標是描述獨特的糖類結構。
GlycoCT
編輯GlycoCT是在EuroCarbDB項目下設計和開發的格式。這種格式使用連接表的方法來描述碳水化合物序列數據的全部復雜性。它通過數據庫GlycomeDB被生物信息學界廣泛使用。
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