糖信息學是生物信息學的一個領域，涉及到對參與蛋白質翻譯后修飾的碳水化合物的研究。它廣泛地包括（但不限于）數據庫、軟件和算法的開發，用于研究碳水化合物結構、糖結合物、酶法碳水化合物的合成和降解，以及碳水化合物的相互作用。該術語的傳統用法目前并不包括從眾所周知的營養方面對碳水化合物的處理。

盡管糖基化是最常見的蛋白質修飾形式，具有高度復雜的碳水化合物結構，但關于糖類的生物信息學研究仍然很薄弱。不像蛋白質和核酸是線性的，碳水化合物往往是支鏈的，而且極其復雜。例如，僅僅四種糖就可以串聯成500多萬種不同的碳水化合物，或者九種不同的糖可以組合成1500萬種可能的四糖鏈。而且，組成糖類的單糖數量多于組成DNA或RNA的核苷酸數量。因此，評估它們的結構在計算上更加昂貴。

糖信息學的主要制約因素之一是難以用序列形式表示糖，特別是由于它們的分支性質。由于缺乏基因藍圖，碳水化合物沒有一個固定的序列。相反，序列主要由各種酶的存在、它們的動力學差異和細胞的生物合成微環境的變化決定。這增加了分析的復雜性和感興趣的碳水化合物結構的實驗可重復性。正是由于這個原因，碳水化合物經常被認為是信息貧乏的分子。