埃德曼降解，由PehrEdman開發，是一種對肽中的氨基酸進行排序的方法。在這種方法中，氨基末端的殘基被標記并從肽中裂開，而不破壞其他氨基酸殘基之間的肽鍵。

異硫氰酸苯酯與不帶電的N端氨基在弱堿性條件下反應，形成環狀苯基硫代氨基甲酰衍生物。然后，在酸性條件下，這個末端氨基酸的衍生物被裂解為噻唑啉酮衍生物。然后，噻唑啉酮氨基酸被選擇性地提取到有機溶劑中，并用酸處理，形成更穩定的苯硫醚（PTH）-氨基酸衍生物，可以用色譜法或電泳法來鑒定。然后可以再次重復這個過程來鑒定下一個氨基酸。這種技術的一個主要缺點是，以這種方式被測序的肽不能有超過50至60個殘基（在實踐中，低于30個）。由于循環衍生化不一定能完成，所以肽的長度受到限制。衍生化問題可以通過在進行反應前將大肽裂解成小肽來解決。它能夠準確地對多達30個氨基酸進行測序，現代機器能夠對每個氨基酸的效率超過99%。埃德曼降解法的一個優點是它在測序過程中只使用10-100皮摩爾的肽。1967年，Edman和Beggs將Edman降解反應自動化，以加快這一過程，到1973年，全世界已有100臺自動化設備在使用。

因為Edman降解是從蛋白質的N端開始的，所以如果N端被化學修飾（如乙酰化或形成焦谷氨酸），它將無法工作。如果遇到非α-氨基酸（如異天冬氨酸），測序將停止，因為有利的五元環中間物無法形成。埃德曼降解法通常對確定二硫橋的位置沒有用。它還需要1皮摩爾或以上的肽量才能得到明顯的結果。

在二維SDSPAGE之后，蛋白質可以被轉移到聚偏二氟乙烯（PVDF）印跡膜上進行進一步分析。埃德曼降解可以直接從PVDF膜上進行。N端殘基測序產生的5到10個氨基酸可能足以確定一個感興趣的蛋白質（POI）。