眼睛的顏色是一種多基因的表型特征，由兩個不同的因素決定：眼睛虹膜的色素和虹膜基質中混濁介質對光線散射的頻率依賴。

在人類中，虹膜的色素從淺棕色到黑色不等，取決于虹膜色素上皮（位于虹膜背面）的黑色素濃度、虹膜基質（位于虹膜正面）內的黑色素含量以及基質的細胞密度。藍色、綠色和淡褐色眼睛的出現是由基質中的廷德爾散射引起的，這種現象類似于解釋天空的藍色，稱為瑞利散射。藍色或綠色顏料從未出現在人類的虹膜或眼液中。因此，眼睛的顏色是結構性顏色的一個例子，并且根據照明條件而變化，特別是對于淺色的眼睛。

許多鳥類明亮的眼睛顏色是由于其他色素的存在，如蝶呤、嘌呤和類胡蘿卜素。人類和其他動物的眼睛顏色有許多表型變化。

人類眼睛顏色的遺傳很復雜。到目前為止，有多達16個基因與眼色遺傳有關。其中一些眼色基因包括OCA2和HERC2.早期認為藍眼色是一種簡單的隱性性狀的觀點已經被證明是不正確的。眼睛顏色的遺傳是非常復雜的，幾乎可以發生在父母和子女眼睛顏色的任何組合中。然而，靠近近端5/'調控區的OCA2基因的多態性可以解釋人類眼睛顏色的大部分變化。

虹膜的顏色可以提供關于一個人的大量信息，顏色的分類對于記錄病理變化或確定一個人對眼部藥物的反應可能很有用。分類系統包括從淺色或深色的基本描述到使用攝影標準進行比較的詳細分級。也有人試圖制定顏色比較的客觀標準。

正常眼睛的顏色范圍從最深的棕色到最淺的藍色。