甲硝唑，以Flagyl等品牌出售，是一種抗生素和抗原蟲藥物。它可單獨使用或與其他抗生素一起使用，用于治療盆腔炎、心內膜炎和細菌性陰道病。它對麥地那龍線蟲病、加地那龍線蟲病、滴蟲病和阿米巴病有效。如果沒有萬古霉素或非達索米星，它是輕度至中度艱難梭菌性結腸炎首次發作時的一種選擇。甲硝唑可通過口服、藥膏和靜脈注射來獲得。

常見的副作用包括惡心、金屬味、食欲不振和頭痛。偶爾也會出現癲癇發作或對藥物過敏。有些人說甲硝唑不應該在懷孕早期使用，而另一些人說用于治療滴蟲病的劑量是安全的。甲硝唑一般被認為與母乳喂養相容。

甲硝唑于1960年在法國開始投入商業使用。它被列入世界衛生組織的基本藥物清單。它在世界大多數地區都能買到。2020年，它是美國第222種最常見的處方藥，有200多萬張處方。

甲硝唑主要用于治療。細菌性陰道病、盆腔炎（與其他抗菌藥如頭孢曲松一起使用）、假膜性結腸炎、吸入性肺炎、酒渣鼻（外用）、發霉的傷口（外用）、腹腔內感染。肺膿腫、牙周炎、阿米巴病、口腔感染、賈第蟲病、滴蟲病，以及由易感厭氧菌引起的感染，如細菌、化膿性細菌、梭狀芽孢桿菌、百白破菌和普雷沃特菌。它還經常與其他藥物一起用于根除幽門螺旋桿菌，并用于防止手術后恢復者的感染。

甲硝唑是苦味的，因此液體懸浮液含有苯甲酸甲硝唑。這可能需要在胃腸道內進行水解，一些消息來源推測，它可能不適合腹瀉或十二指腸或空腸內有飼管的人使用。

治療細菌性陰道病的首選藥物包括甲硝唑和克林霉素。非懷孕婦女治療細菌性陰道病的首選藥物包括甲硝唑口服，每天兩次，連續7天，或甲硝唑凝膠陰道內注射，每天一次，連續5天，或克林霉素陰道內注射，睡前注射，連續7天。對于孕婦，首選的治療方法是甲硝唑口服，每天三次，連續七天。數據沒有報告男性性伴侶的常規治療。

5-硝基咪唑類藥物（甲硝唑和替硝唑）是治療陰道毛滴蟲感染的主要手段。建議對受感染的病人和病人的性伴侶都進行治療，即使是沒有癥狀的病人。除5-硝基咪唑類藥物外，其他療法也是一種選擇，但治愈率要低得多。

口服甲硝唑是賈第蟲病的一種治療選擇，然而，硝基咪唑耐藥性的發生率越來越高，導致其他化合物類的使用增多。

對于麥地那龍(Dracunculus medinensis)，甲硝唑只是緩解拔蟲，而不是殺蟲。

不太嚴重的艱難梭菌感染結腸炎（假膜性結腸炎）的初始抗生素治療包括甲硝唑、萬古霉素或非達霉素口服。2017年，IDSA普遍推薦萬古霉素和非達索米星而不是甲硝唑。事實證明，口服萬古霉素對治療嚴重的艱難梭菌性結腸炎患者更為有效。

組織溶血性阿米巴侵襲性阿米巴病用甲硝唑進行根治，與地諾沙星聯合使用以防止復發。雖然它通常是一種標準的治療方法，但也有一些副作用。

甲硝唑也被用于婦女預防與細菌性陰道病有關的早產，其中包括其他風險因素，包括宮頸陰道胎兒纖連蛋白（fFN）的存在。甲硝唑對預防高危孕婦（通過病史和fFN測試陽性選擇）的早產無效，相反，發現使用甲硝唑治療的婦女的早產發生率更高。

除了其抗生素特性，人們還試圖在針對缺氧性腫瘤的放射治療中利用甲硝唑可能的放射增敏效應。然而，在所需劑量下出現的神經毒副作用阻礙了甲硝唑在放射治療中作為輔助劑的廣泛使用。然而，從甲硝唑衍生出來的其他硝基咪唑類藥物，如尼莫拉唑，其電子親和力降低，顯示出不太嚴重的神經系統副作用，并已發現它們進入頭頸部的放射治療實踐。