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類轉錄活化因子核酸酶
編輯類轉錄活化因子核酸酶(TALEN)是可以被設計用來切割DNA特定序列的限制性酶。它們是通過將TAL效應器的DNA結合域與DNA裂解域(一種切割DNA鏈的核酸酶)相融合而制成。轉錄激活劑樣效應物(TALEs)可以被設計成幾乎與任何所需的DNA序列結合,因此當與核酸酶結合時,可以在特定位置切割DNA。這些限制性酶可以被引入細胞,用于基因編輯或原位基因組編輯,這種技術被稱為用工程核酸酶進行基因組編輯。與鋅指核酸酶和CRISPR/Cas9一起,TALEN是基因組編輯領域的一個突出工具。
TALE DNA結合域
編輯TAL效應物是黃單胞菌感染植物時通過其III型分泌系統分泌的蛋白質。DNA結合結構域包含一個重復的高度保守的33-34個氨基酸序列,其中第12和第13個氨基酸有分歧。這兩個位置被稱為重復可變區(RVD),是高度可變的,并顯示出與特定核苷酸識別的強烈關聯。氨基酸序列和DNA識別之間的這種直接關系允許通過選擇含有適當RVDs的重復片段的組合來設計特定的DNA結合域。值得注意的是,RVD的輕微變化和非傳統RVD序列的加入可以提高靶向特異性。
DNA裂解結構域
編輯來自FokI內切酶末端的非特異性DNA裂解結構域可用于構建在酵母實驗中具有活性的混合核酸酶。這些試劑在植物細胞和動物細胞中也有活性。最初的TALEN研究使用野生型FokI裂解結構域,但隨后的一些TALEN研究也使用了FokI裂解結構域變體,其突變旨在提高裂解特異性和裂解活性。FokI結構域的功能是二聚體,需要兩個具有獨特DNA結合結構域的構建體在目標基因組中具有適當的方向和間距的位置。TALE DNA結合域和FokI裂解域之間的氨基酸殘基數量以及兩個單獨的TALEN結合位點之間的堿基數量似乎都是實現高水平活性的重要參數。
工程化TALEN構建體
編輯TALE結合域的氨基酸序列和DNA識別之間的簡單關系使蛋白質的高效工程化成為可能。在這種情況下,人工基因合成是有問題的,因為在TALE結合域中發現的重復序列的退火不正確。解決這個問題的一個辦法是使用一個公開的軟件程序(DNAWorks)來計算適合在兩步PCR寡核苷酸組裝后進行全基因擴增的寡核苷酸。一些用于生成工程化TALE構建體的模塊化組裝方案也已被報道。這兩種方法都提供了一種系統的方法來設計DNA結合結構域,在概念上與生成鋅指DNA識別結構域的模塊化組裝方法相似。
轉染
編輯一旦TALEN構建體被組裝好,它們被插入質粒;然后用質粒轉染目標細胞,基因產物被表達并進入細胞核以進入基因組中。另外,TALEN構建體可以作為mRNA傳遞給細胞,這就消除了TALEN表達蛋白的基因組整合的可能性。使用mRNA載體也可以極大地提高同源定向修復(HDR)的水平和基因編輯過程中導入的成功率。
基因組編輯
編輯機制
TALEN可以通過誘導雙鏈斷裂(DSB)來編輯基因組,細胞通過修復機制來應對。
非同源末端連接(NHEJ)直接從雙鏈斷裂的兩側連接DNA,而在雙鏈斷裂處只有很少或沒有序列重疊的退火。這種修復機制通過縮進(插入或缺失)或染色體重排在基因組中誘發錯誤;任何這樣的錯誤都可能使該位置編碼的基因產品失去功能。由于這種活性可能因物種、細胞類型、目標基因和使用的核酸酶而不同,因此在設計新系統時應進行監測。可以進行一個簡單的異源雙鏈裂解檢測,檢測通過PCR擴增的兩個等位基因之間的任何差異。
另外,在有外源性雙鏈DNA片段的情況下,可以通過NHEJ將DNA引入基因組。
同源定向修復也可以在DSB處引入外來的DNA,因為轉染的雙鏈序列被用作修復酶的模板。
應用
TALEN已被用于有效地修改植物基因。
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