軟件系統是基于構成計算機系統一部分的軟件（硬件和軟件的組合）的相互通信組件的系統。 它由許多獨立的程序、用于設置這些程序的配置文件、描述系統結構的系統文檔和解釋如何使用系統的用戶文檔組成。

術語軟件系統應與術語計算機程序和軟件區分開來。 術語計算機程序通常指一組執行特定任務的指令（源代碼或目標代碼）。 然而，軟件系統通常指的是一個包含更多組件的概念，例如規范、測試結果、最終用戶文檔、維護記錄等。

術語軟件系統的使用有時與系統理論方法在軟件工程環境中的應用有關。 一個軟件系統由幾個獨立的計算機程序和相關聯的配置文件、文檔等組成，它們一起運行。 該概念用于大型復雜軟件的研究，因為它側重于軟件的主要組件及其交互。 它還與軟件架構領域有關。

軟件系統是對特別是軟件工程和一般系統工程感興趣的團體的一個活躍研究領域。 系統和軟件雜志（由 Elsevier 出版）等學術期刊致力于該主題。

ACM 軟件系統獎是一項年度獎項，旨在表彰開發具有持久影響力的系統的個人或組織，這些影響體現在對概念的貢獻、商業接受度或兩者兼而有之。 自1983年起由美國計算機協會（ACM）頒發，由IBM贊助的現金獎。

軟件系統的主要類別包括基于應用軟件開發、編程軟件和系統軟件的系統，盡管有時很難區分。 軟件系統的示例包括操作系統、計算機預訂系統、空中交通管制系統、軍事指揮和控制系統、電信網絡、內容管理系統、數據庫管理系統、專家系統、嵌入式系統等。