分子標記是從某個來源取樣的分子，它提供有關其來源的信息。 例如，DNA 是一種分子標記，可提供有關其來源生物體的信息。 再例如，某些蛋白質可能是其來源的人體內阿爾茨海默氏病的分子標記。 分子標記可能是非生物的。 非生物標記經常用于環境研究。

在遺傳學中，分子標記（稱為遺傳標記）是與基因組內特定位置相關的 DNA 片段。 分子標記在分子生物學和生物技術中用于識別未知 DNA 庫中的特定 DNA 序列。

遺傳標記有多種類型，每種都有特定的局限性和優勢。 在遺傳標記中，存在三個不同的類別：xxx代標記、第二代標記和新一代標記。 這些類型的標記還可以識別基因組內的優勢和共同優勢。 使用標記識別優勢和共同優勢可能有助于從生物體內的純合子中識別雜合子。 共顯性標記更有益，因為它們識別出不止一個等位基因，從而使某人能夠通過作圖技術遵循特定特征。 這些標記允許擴增基因組內的特定序列以進行比較和分析。

分標記是有效的，因為它們識別染色體內可識別位置之間的大量遺傳連鎖，并且能夠重復進行驗證。 他們可以識別繪圖種群中的微小變化，從而區分繪圖物種，從而分離特征和身份。 它們識別染色體上的特定位置，從而可以創建物理圖譜。 最后，他們可以確定一個生物體具有多少個特定性狀的等位基因（雙等位基因或多等位基因）。

如前所述，基因組標記具有特殊的優勢和劣勢，因此在使用前必須考慮和了解這些標記。 例如，RAPD 標記是顯性的（僅識別一條區分帶）并且它可能對可重現的結果敏感。 這通常是由于其生產條件所致。 RAPD 的使用還假設兩個樣本在生成樣本時共享相同的位點。 不同的標記也可能需要不同數量的 DNA。 RAPD 可能只需要 0.02ug 的 DNA，而 RFLP 標記可能需要從中提取 10ug 的 DNA 才能產生可識別的結果。 目前，SNP 標記已證明是多種作物育種計劃中的潛在工具。

分子作圖有助于識別特定標記在基因組中的位置。 可以創建兩種類型的地圖來分析遺傳物質。 首先，是一張物理地圖，它有助于識別你在染色體上的位置以及你在哪條染色體上。 其次，有一個連鎖圖譜，可以識別特定基因如何與染色體上的其他基因連鎖。 該連鎖圖譜可以使用 (cM) centiMorgans 作為測量單位來識別與其他基因的距離。 共顯性標記可用于作圖，以識別基因組內的特定位置，并可代表表型差異。 標記的連鎖可以幫助識別基因組內的特定多態性。 這些多態性表明基因組內可能存在核苷酸替換或序列重排的輕微變化。 在繪制地圖時，識別兩個物種之間的幾個多態性差異以及識別兩個物種之間的相似序列是有益的。

在使用分子標記研究特定作物的遺傳學時，必須記住標記是有限制的。 首先應該評估所研究的生物體內的遺傳變異性。 分析候選基因附近或內部的特定基因組序列的可識別性。 可以創建地圖以確定基因之間的距離和物種之間的分化。

遺傳標記可以幫助開發可以投入大規模生產的新特性。 這些新特性可以使用分子標記和圖譜來識別。 顏色等特定性狀可能僅由少數幾個基因控制。 可以使用 MAS（標記輔助選擇）識別質量性狀（需要少于 2 個基因），例如顏色。 一旦找到所需的標記，就可以在不同的子代中進行跟蹤。 在不同屬或種之間雜交時，可識別標記可能有助于追蹤感興趣的特定特征，以期將特定特征傳遞給后代。