生物浸出是通過使用生物體從礦石中提取金屬。 這比使用氰化物的傳統堆浸要干凈得多。 生物浸出是生物濕法冶金中的幾種應用之一，有多種方法用于回收銅、鋅、鉛、砷、銻、鎳、鉬、金、銀和鈷。

生物浸出可涉及許多亞鐵和硫氧化細菌，包括氧化亞鐵硫桿菌（以前稱為氧化亞鐵硫桿菌）和氧化硫硫桿菌（以前稱為氧化硫硫桿菌）。 作為一般原理，Fe3+ 離子用于氧化礦石。 這一步完全獨立于微生物。 細菌的作用是進一步氧化礦石，同時也是從 Fe2+ 再生化學氧化劑 Fe3+。 例如，細菌通過使用氧氣氧化硫和金屬（在本例中為亞鐵 (Fe2+)）來催化礦物黃鐵礦 (FeS2) 的分解。 這產生了可溶性產物，可以進一步純化和精煉以產生所需的金屬。

黃鐵礦浸出（FeS2）：在xxx步中，二硫化物被三價鐵離子（Fe3+）自發氧化為硫代硫酸鹽，后者又被還原為亞鐵離子（Fe2+）

反應的凈產物是可溶性硫酸亞鐵和硫酸。

微生物氧化過程發生在細菌的細胞膜上。 電子進入細胞并用于生化過程，為細菌產生能量，同時將氧氣還原為水。 關鍵反應是硫化物被三價鐵氧化。 細菌步驟的主要作用是該反應物的再生。

銅的工藝非常相似，但效率和動力學取決于銅礦物學。 最有效的礦物是表生礦物，例如輝銅礦 Cu2S 和銅藍銅 CuS。 主要的銅礦物黃銅礦 (CuFeS2) 浸出效率不高，這就是為什么主要的銅生產技術仍然是浮選，其次是冶煉和精煉。 CuFeS2 的浸出遵循溶解然后進一步氧化的兩個階段，Cu2+ 離子留在溶液中。

一般來說，硫化物首先被氧化成單質硫，而二硫化物被氧化成硫代硫酸鹽，上述過程可以應用于其他硫化礦。 非硫化礦如瀝青鈾礦的生物浸出也使用三價鐵作為氧化劑（如UO2 + 2 Fe3+ ==> UO22+ + 2 Fe2+）。 在這種情況下，細菌步驟的xxx目的是 Fe3+ 的再生。 可以添加硫化鐵礦石以加速該過程并提供鐵源。 通過分層廢硫化物和單質硫，由 Acidithiobacillus spp. 定殖的非硫化物礦石的生物浸出已經完成，這為不含硫化物礦物的材料的加速浸出提供了策略。

溶解的銅 (Cu2+) 離子通過配體交換溶劑萃取從溶液中去除，這會在溶液中留下其他離子。