多原子離子，也稱為分子離子，是兩個或多個原子或金屬絡合物的共價鍵合組，可被視為一個單元，其凈電荷不為零。 取決于所使用的定義，術語分子可以用于也可以不用于指代多原子離子。 前綴 poly- 在希臘語中有很多的意思，但即使是兩個原子的離子也通常被描述為多原子的。

在較早的文獻中，多原子離子可能被稱為自由基（或不太常見，稱為自由基）。 在現代用法中，術語自由基指的是各種自由基，它們是具有不成對電子且不需要充電的物種。

多原子離子的一個簡單例子是氫氧根離子，它由一個氧原子和一個氫原子組成，共同攜帶 -1 的凈電荷； 其化學式為OH?。 相反，銨離子由一個氮原子和四個氫原子組成，電荷為+1； 其化學式為NH+4。

多原子離子通常在酸堿化學和鹽的形成中很有用。

通常，多原子離子可被視為中性分子的共軛酸或共軛堿。 例如，硫酸 (H2SO4) 的共軛堿是多原子硫酸氫陰離子 (HSO?4)。 去除另一個氫離子會產生硫酸根陰離子 (SO2-4)。

有兩個規則可用于學習多原子陰離子的命名法。 首先，當前綴 bi 添加到名稱中時，氫被添加到離子的分子式中，其電荷增加 1，后者是氫離子的 +1 電荷的結果。 雙前綴的替代方法是在其位置使用氫一詞：源自 H+ + CO2-3 的陰離子 HCO-3 可稱為碳酸氫根或碳酸氫根。

大多數常見的多原子陰離子是含氧陰離子，含氧酸（衍生自非金屬元素氧化物的酸）的共軛堿。 例如，硫酸根陰離子SO2?4是由H2SO4衍生而來，可以看做SO3 + H2O。

第二條規則基于離子中主要原子的氧化態，在實踐中通常（但不總是）直接與離子中氧原子的數量相關，如下圖所示。 考慮氯氧陰離子家族：

隨著氯原子的氧化態變得更正，連接的氧原子數量增加。 這產生了以下常見模式：首先，將 -ate 離子視為堿基名稱； 添加 per- 前綴會增加一個氧，而將 -ate 后綴更改為 -ite 會將氧減少一個，而保留后綴 -ite 并添加前綴 hypo- 會再減少一個氧的數量 - 所有這些都不會改變 費用。 命名模式遵循許多不同的氧陰離子系列，基于該特定系列的標準根。 -ite 比 -ate 少一個氧，但不同的 -ate 陰離子可能具有不同數量的氧原子。

這些規則不適用于所有多原子陰離子，但它們確實適用于一些更常見的陰離子。