真菌學是與真菌研究有關的生物學分支，包括它們的遺傳和生化特性、分類學和它們對人類的用途，包括作為火種、傳統醫學、食品和致幻劑的來源，以及它們的危險， 例如毒性或感染。

專門研究真菌學的生物學家被稱為真菌學家。

真菌學分支到植物病理學領域，研究植物病害，這兩個學科仍然密切相關，因為絕大多數植物病原體都是真菌。

從歷史上看，真菌學是植物學的一個分支，因為雖然真菌在進化上與動物的關系比與植物的關系更密切，但直到幾十年前人們才認識到這一點。 先驅真菌學家包括 Elias Magnus Fries、Christian Hendrik Persoon、Anton de Bary、Elizabeth Eaton Morse 和 Lewis David von Schweinitz。

Pier Andrea Saccardo 開發了一種根據孢子顏色和形狀對不完全真菌進行分類的系統，該系統成為通過 DNA 分析進行分類之前使用的主要系統。 他最著名的是他的 Sylloge，這是一個完整的清單，列出了所有用于蘑菇的名字。 Sylloge 仍然是同類著作中xxx一部既全面涵蓋植物學王國真菌又相當現代的著作。

許多真菌會產生毒素、抗生素和其他次級代謝產物。 例如，Abraham Joffe 廣泛研究了世界性（全世界）鐮刀菌屬及其與人類消化道毒性白血病致命爆發相關的毒素。

真菌作為共生體，例如真菌，是地球上生命的基礎。 以菌根、昆蟲共生體和地衣的形式存在。 許多真菌能夠分解復雜的有機生物分子，例如木質素（木材中更耐用的成分），以及異生素、石油和多環芳烴等污染物。 通過分解這些分子，真菌在全球碳循環中發揮著關鍵作用。

真菌和傳統上被認為是真菌的其他生物，例如卵菌和粘菌（粘菌），通常具有重要的經濟和社會意義，因為其中一些會導致動物（包括人類）和植物疾病。

除了病原真菌外，許多真菌種類在控制由不同病原體引起的植物病害方面非常重要。 例如，絲狀真菌木霉屬的物種被認為是最重要的生物防治劑之一，可替代化學產品以有效控制作物病害。

某些真菌可引起人類和其他動物的疾病 - 對感染動物的致病真菌的研究被稱為醫學真菌學。

據信，人類在史前時代就開始采集蘑菇作為食物。 蘑菇最早出現在歐里庇得斯（Euripides，公元前 480-406 年）的著作中。 希臘哲學家 Theophrastos of Eresos（公元前 371-288 年）可能是xxx個嘗試對植物進行系統分類的人； 蘑菇被認為是缺少某些器官的植物。 后來是老普林尼 (Pliny the Elder，公元 23-79 年)，他在他的自然史百科全書中寫下了松露。 真菌學一詞來自古希臘語：μ?κη? (mukēs)，意思是真菌，后綴 -λογ?α (-logia)，意思是研究。

真菌和松露既不是草本植物，也不是根莖、花朵或種子，而只是樹木、腐木和其他腐爛物的多余水分或泥土。 所有真菌和松露，尤其是那些用于食用的真菌和松露，最常在雷雨天氣中生長，這一事實顯而易見。

現代真菌學的開端始于 Pier Antonio Micheli 于 1737 年發表的植物新星屬 (Nova plantarum genera)。 這部開創性的著作在佛羅倫薩出版，為草、苔蘚和真菌的系統分類奠定了基礎。 他創造了仍然流行的屬名稱 Polyporus 和 Tuber，兩者的日期均為 1729 年（盡管這些描述后來被現代規則修改為無效）。

創始命名學家卡爾·林奈 (Carl Linnaeus) 于 1753 年將真菌納入他的二項式命名系統，其中每種生物都有一個由屬和種組成的雙詞名稱（而在此之前，生物通常用包含許多詞的拉丁短語來命名）。