蓮科是水生開花植物科。 蓮屬是xxx現存的屬，包括原產于北美的黃蓮屬和廣泛分布于亞洲的蓮屬。 從化石中已知至少有四個其他屬，Nelumbites、Exnelumbites、Paleonelumbo 和 Nelumbago。

蓮科曾屬于睡蓮科睡蓮科。 遺傳分析確定家庭之間的相似性是趨同進化的一個例子。 蓮科是屬于 Proteales 的高度改良的真雙子葉植物，它們最近的現存親屬是法國梧桐 (Platanaceae) 和 Proteaceae。

2016 年的 APG IV 系統將該科置于真雙子葉進化枝的 Proteales 目中。 1981 年的 Cronquist 系統也承認了這個科，但根據總體形態相似性，將其歸入 Magnoliopsida 綱（= 雙子葉植物）的 Magnoliidae 亞綱的 Nymphaeales 中。 Dahlgren 系統和 Thorne 系統 (1992) 也承認了這個科，并將其置于其自己的目 Nelumbonales 中，在 Magnoliidae 亞綱（= 雙子葉植物）的 Magnolianae 超目中。