紫草科是紫苑科中開花植物的一個目。 它包括紫草科和許多其他科，共有約 125 屬和 2,700 種。 它的草本植物、灌木、樹木和藤本植物（藤本植物）在世界范圍內都有分布。

現在被稱為紫草科的植物分類可以追溯到 Genera plantarum (1789)，當時 Antoine Laurent de Jussieu 將一組植物命名為紫草科，包括琉璃苣屬，現在是模式屬。 然而，由于xxx個有效的描述是由 Friedrich von Berchtold 和 Jan Svatopluk Presl (1820) 進行的，因此植物學權威被指定為 Juss。

Jussieu將紫草亞科分為五個組。 從那時起，紫草科要么被視為一個有幾個亞科的大科，要么被視為一個有幾個密切相關科的小科。

APG 系統對紫草科 (Boraginaceae s.l.) 進行了廣泛的研究，其中包括傳統上公認的水葉科和 Lennoaceae 科，最近的分子系統發育表明，按照傳統定義，紫草科是這兩個科的并系系統。 APG III 將紫草科包括在 Euasterid I (lamiid) 進化枝中，但該科未被定位； 它與 Euasterid I 群中其他科的確切關系仍不清楚。 在對選定基因的 DNA 序列進行的系統發育研究中，紫草科被確定為 Lamiales sensu APG 的姐妹，但該結果只有 65% 的xxx似然自舉支持。

在 APG IV 發布后，一個與 APG 類似的合作小組，即紫草科工作組成立，以進一步闡明紫草科 s.l. 內的系統發育關系。

結果，它被分成 11 個科，包括： 紫草科 s.s. 或 s.str.、Cordiaceae、Ehretiaceae、Heliotropiaceae 和 Hydrophyllaceae。 其中一些是單一的。 如果紫草科包括 Codon 屬和 Wellstedia 屬，則很難從形態學上對其進行表征。 Codon長期以來被認為是水生植物科的一個不尋常的成員，但1998年的分子系統發育研究表明它更接近紫草科，Codon和Wellsteia都被分配到各自的科，Codonaceae和Wellstediaceae。

葉綠素全寄生蟲 Lennoa 和 Pholisma 曾被視為 Lennoaceae 科，但現在已知它們形成了一個嵌套在 Ehretiaceae 內的進化枝。 一些研究表明，如果 Nameae 部落包含在水葉藻科中，水葉藻科就是并系群，但需要進一步的研究來解決這個問題。

在 Asa Gray 將 Hydrolea 放置在那里之后一個多世紀以來，人們一直認為它屬于水生植物科，但現在已知它屬于茄目。

Pteleocarpa 長期以來被認為是一種異類，通常被置于紫草科，但有相當大的疑問。 分子證據強烈支持它是膠質科的姊妹植物，并且該科已經擴展到包括它。