古菌 (/ɑ?r?ki??/ (listen) ar-KEE-?; singular archaeon /ɑ?r?ki??n/) 是單細胞生物的一個域。 這些微生物缺乏細胞核，因此是原核生物。 古菌最初被歸類為細菌，被命名為古細菌（在古細菌界），但這個詞已經不再使用了。

古菌 l 細胞具有將它們與其他兩個域（細菌和真核生物）區分開來的獨特特性。 古菌進一步分為多個公認的門。 分類很困難，因為大多數都沒有在實驗室中分離出來，只能通過環境樣本中的基因序列檢測到。

古菌和細菌通常在大小和形狀上相似，盡管一些古菌的形狀非常不同，例如 Haloquadratum walsbyi 的扁平方形細胞。 盡管在形態上與細菌相似，但古細菌擁有與真核生物更密切相關的基因和幾種代謝途徑，特別是參與轉錄和翻譯的酶。 古細菌生物化學的其他方面是xxx的，例如它們對細胞膜中醚類脂質的依賴，包括古細菌。 古菌使用比真核生物更多樣化的能源，從糖類等有機化合物到氨、金屬離子甚至氫氣。 耐鹽的鹽生菌使用陽光作為能量來源，其他古菌種類固定碳（自養），但與植物和藍細菌不同，沒有已知的古菌種類同時做這兩種事情。 古菌通過二元裂變、破碎或出芽進行無性繁殖； 與細菌不同，沒有已知的古菌物種形成內生孢子。首先觀察到的古細菌是極端微生物，它們生活在沒有其他生物的極端環境中，例如溫泉和鹽湖。 改進的分子檢測工具導致幾乎在每個棲息地都發現了古細菌，包括土壤、海洋和沼澤地。 古菌在海洋中特別多，浮游生物中的古細菌可能是地球上最豐富的生物群之一。

古菌是地球生命的重要組成部分。 它們是所有生物體微生物群的一部分。 在人類微生物組中，它們在腸道、口腔和皮膚上很重要。 它們的形態、代謝和地理多樣性使它們能夠發揮多種生態作用：固碳； 氮循環； 有機化合物營業額； 例如，維護微生物共生和互養群落。

沒有已知的古細菌病原體或寄生蟲的明確例子。 相反，它們通常是共生生物或共生生物，例如棲息在人類和反芻動物胃腸道中的產甲烷菌（產甲烷菌株），它們的大量數量有助于消化。 產甲烷菌也用于沼氣生產和污水處理，生物技術利用來自極端微生物古細菌的酶，這些酶可以耐受高溫和有機溶劑。

在 20 世紀的大部分時間里，原核生物被視為單一的生物群，并根據其生物化學、形態學和新陳代謝進行分類。 微生物學家試圖根據微生物的細胞壁結構、形狀和消耗的物質對微生物進行分類。 1965 年，Emile Zuckerkandl 和 Linus Pauling 提議使用不同原核生物中的基因序列來弄清楚它們之間的關系。 這種系統發育方法是當今使用的主要方法。

1977 年，Carl Woese 和 George E. Fox 根據核糖體 RNA (rRNA) 基因首次將古菌與細菌分開分類，當時只有產甲烷菌是已知的。 他們稱這些群體為古細菌和真細菌的 Urkingdoms，盡管其他研究人員將它們視為王國或子王國。 Woese 和 Fox 給出了古細菌作為單獨后代的xxx個證據：1. 其細胞壁中缺乏肽聚糖，2. 兩種不尋常的輔酶，3. 16S 核糖體 RNA 基因測序的結果。 為了強調這種差異，Woese、Otto Kandler 和 Mark Wheelis 后來提議將生物體重新分類為三個自然域，稱為三域系統：真核生物、細菌和古菌，這就是現在所說的 Woesian xxx。

archaea這個詞來自古希臘語?ρχα?α，意思是古老的東西，因為古菌領域的xxx個代表是產甲烷菌，并且假設它們的新陳代謝反映了地球的原始大氣和有機體的古代，但作為新的棲息地 經過研究，發現了更多的生物。 極端嗜鹽和超嗜熱微生物也包括在古菌中。 長期以來，古菌被視為只存在于溫泉、鹽湖等極端環境中的極端微生物，但到了20世紀末，古菌也被發現存在于非極端環境中。