球桿菌（復數球桿菌）或芽孢桿菌是一種介于球菌（球形細菌）和桿菌（桿狀細菌）之間的細菌。 那么，球桿菌是非常短的桿，可能會被誤認為是球菌。

流感嗜血桿菌、陰道加德納菌和沙眼衣原體是球桿菌。 Aggregatibacter actinomycetemcomitans 是一種廣泛存在于齦下菌斑中的革蘭氏陰性球桿菌。 不動桿菌菌株可以像球桿菌一樣在固體培養基上生長。 百日咳博德特氏菌是一種革蘭氏陰性球桿菌，可引起百日咳。

引起鼠疫的細菌鼠疫耶爾森氏菌也是球桿菌。

Coxiella burnetii 也是一種球桿菌。 來自布魯氏菌屬的細菌是引起布魯氏菌病的醫學上重要的球桿菌。 杜克雷嗜血桿菌是另一種醫學上重要的革蘭氏陰性球桿菌，在第三世界國家的性傳播疾病軟下疳中觀察到。