半鞭毛蟲是一組單細胞真核生物，屬于 Spironemidae 科，于 1988 年首次被發現。在接下來的 30 年里，不同的作者提議將這些生物置于真核生物的各個分支中。 2018 年，Lax 等人。 報道了螺線蟲科的xxx個遺傳信息，并表明它們來自真核生物的古老譜系，該譜系構成了與所有其他真核生物王國不同的獨立進化枝。 它可能與 Telonemia 有關。

半鞭毛蟲由Foissner等人于1988年建立，作為一個單科的新門，螺蟲科。 它在真核生物生命樹上的位置尚不清楚，但作者認為其表膜和細胞核的結構表明與裸藻綱有密切關系。 在描述該群體后的 30 年里，沒有可用的遺傳信息。 在那段時間里，研究人員提出它應該被歸類到或接近于其他類群的分類，包括肺泡類、無絲單胞菌類、棘單胞菌類和 Rhizaria 類。

在 2018 年發表的一篇文章中，Lax 等人。 宣布在新斯科舍省的土壤樣本中發現了一種新的 hemimastigophoran 物種 Hemimastix kukwesjijk，并在實驗室成功培育。 在同一樣本中發現了第二種半鞭毛蟲，一種新的螺線蟲屬。 對這兩種生物的系統基因組學分析表明，半鞭毛蟲是一個非常古老的譜系，它與其他真核生物分道揚鑣的時間如此之早，以至于該類群應該被歸類為超界水平。

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