在有機化學中，肽合成是肽的生產，肽是多個氨基酸通過酰胺鍵（也稱為肽鍵）連接的化合物。 肽是通過一個氨基酸的羧基與另一個氨基酸的氨基的縮合反應化學合成的。 保護基策略通常是必要的，以防止與各種氨基酸側鏈發生不良副反應。 化學肽合成通常從肽的羧基末端（C 末端）開始，然后向氨基末端（N 末端）前進。 生物體中的蛋白質生物合成（長肽）發生在相反的方向。

肽的化學合成可以使用經典的液相技術進行，盡管這些技術在大多數研究和開發環境中已被固相方法所取代（見下文）。 然而，液相合成在工業用途的肽的大規模生產中仍然有用。

化學合成有助于生產難以在細菌中表達的肽、非天然氨基酸的摻入、肽/蛋白質主鏈修飾以及由 D-氨基酸組成的 D-蛋白質的合成。

在實驗室中生產合成肽的既定方法稱為固相肽合成 (SPPS)。 SPPS 由 Robert Bruce Merrifield xxx，通過氨基酸衍生物在宏觀不溶性溶劑溶脹珠狀樹脂支持物上的連續反應，可以快速組裝肽鏈。

固體支持物由連接到新生肽鏈的反應基團（如胺基或羥基）功能化的小聚合物樹脂珠組成。 由于肽在整個合成過程中始終與支持物共價結合，因此可以通過洗滌和過濾去除多余的試劑和副產物。 這種方法避免了在每個反應步驟后從溶液中分離相對耗時的產物肽，而這在使用傳統的液相合成時是必需的。

每個要與肽鏈 N 末端偶聯的氨基酸必須在其 N 末端和側鏈上使用適當的保護基團進行保護，例如 Boc（酸不穩定）或 Fmoc（堿不穩定），具體取決于側鏈和 使用的保護策略（見下文）。

一般的 SPPS 程序是交替 N 端脫保護和偶聯反應的重復循環之一。 可以在每個步驟之間清洗樹脂。 首先將氨基酸偶聯到樹脂上。 隨后，胺被脫保護，然后與下一個要添加的氨基酸的活化羧基偶聯。 重復這個循環，直到合成了所需的序列。 SPPS 循環還可以包括加帽步驟，以阻止未反應的氨基酸末端發生反應。 在合成結束時，將粗肽從固體支持物上切下，同時使用三氟乙酸等試劑去除所有保護基團。 粗肽可以從非極性溶劑如乙醚中沉淀出來，以去除有機可溶性副產物。 可以使用反相 HPLC 純化粗肽。 純化過程，尤其是較長肽的純化過程可能具有挑戰性，因為必須去除累積量的大量次要副產物，這些副產物具有與所需肽產物相似的特性。 出于這個原因，所謂的連續色譜工藝（如 MCSGP）越來越多地用于商業環境中，以在不犧牲純度的情況下xxx限度地提高產量。

SPPS 受到反應產量的限制，通常 70 個氨基酸范圍內的肽和蛋白質正在推動合成可及性的極限。 合成難度也取決于序列； 通常，容易聚集的序列（如淀粉樣蛋白）很難制備。 可以通過使用連接方法（例如天然化學連接）來獲得更長的長度，其中兩個較短的完全脫保護的合成肽可以在溶液中連接在一起。

使 SPPS 得到廣泛應用的一個重要特征是在偶聯步驟中產生極高的產量。 需要高效的酰胺鍵形成條件。 并添加過量的每種氨基酸（2 到 10 倍）。 偶聯過程中氨基酸外消旋化的最小化對于避免最終肽產品中的差向異構化也是至關重要的。

胺和羧酸之間的酰胺鍵形成很慢，因此通常需要“偶聯劑”或“活化劑”。 存在范圍廣泛的偶聯試劑，部分由于它們對特定偶聯的不同有效性，許多這些試劑是可商購的。