同源染色體的體細胞配對類似于減數分裂前和早期配對（參見文章：同源染色體#In meiosis），并且已經在雙翅目（果蠅）和出芽酵母中觀察到，例如（它是否在后生動物中進化多次是 不清楚）。 除了在生殖系細胞中，哺乳動物幾乎沒有配對，發生在特定位點，并在發育信號的控制下（被理解為其他遠程染色體間相互作用的一個子集，例如環化和組織成染色體區域）。

雖然減數分裂配對已得到廣泛研究，但體細胞配對的作用仍不太為人所知，甚至它是否與減數分裂配對在機制上相關也不得而知。

Metz 于 1916 年對體細胞配對進行了首次回顧，引用了 N. M. Stevens 在 1907 年和 1908 年對生殖細胞配對的首次描述，他指出：

“因此，在這些昆蟲的整個生命史中，同源染色體的配對可能與每次有絲分裂有關”（第 215 頁）

史蒂文斯指出了交流的潛力和在遺傳中的作用。

雖然隨后對減數分裂同源配對進行了深入研究，但由于被描述為用于測量配對的細胞學工具和用于擾亂配對動力學的遺傳工具的局限性，體細胞配對仍然被忽視。

1998 年確定果蠅中的同源配對是通過獨立啟動（與定向的“進程拉動”運動相反）發生的。

2012 年進行了xxx個 RNAi 篩選（基于 DNA FISH）以鑒定調節黑腹果蠅體細胞配對的基因，當時被描述為提供了大部分新因子的廣泛“零件清單”。

這些包括 40 個配對促進基因和 65 個“反配對”基因（其中 2 個和 1 個分別是已知的），其中許多具有人類直向同源基因。

2007 年早期的 RNAi 篩選表明，拓撲異構酶 II 活性的破壞會損害果蠅組織培養物中的體細胞配對，表明拓撲異構酶介導的組織（或拓撲異構酶的直接相互作用）在配對中的作用。 Condensin（盡管與拓撲異構酶 II 依賴性相互作用）對果蠅同源配對具有拮抗作用。