生物指示劑是任何物種（指示物種）或物種群，其功能、種群或狀態可以揭示環境的定性狀態。 最常見的指示物種是動物。 例如，可以監測存在于許多水體中的橈足類和其他小型水甲殼類動物的變化（生化、生理或行為），這些變化可能表明其生態系統存在問題。 生物指標可以告訴我們不同污染物在生態系統中的累積影響，以及問題可能存在多長時間，而物理和化學測試無法做到這一點。

生物監測器或生物監測器是一種生物體，可提供有關其周圍環境質量的定量信息。 因此，一個好的生物監測器將指示污染物的存在，也可用于提供有關暴露量和強度的額外信息。

生物指示劑也是通過使用抗性微生物菌株（例如芽孢桿菌或地芽孢桿菌）評估環境無菌性的過程的名稱。 生物指示劑可以描述為在滅菌前將高度耐藥的微生物引入給定環境，進行測試以衡量滅菌過程的有效性。 由于生物指示劑使用高度耐藥的微生物，任何使它們失去活性的滅菌過程也會殺死更常見、更弱的病原體。

生物指示劑是一種有機體或生物反應，它通過出現典型癥狀或可測量的反應來揭示污染物的存在，因此更具定性。 這些生物體（或生物體群落）可用于通過以下列方式之一發生變化來傳遞有關環境變化或環境污染物數量的信息：生理、化學或行為。 通過研究可以推斷出以下信息：

• 某些元素或化合物的含量
• 它們的形態或細胞結構
• 代謝生化過程
• 行為
• 人口結構。

生物監測器而不是人造設備的重要性和相關性是通過觀察證明一個物種或系統狀態的最佳指標本身。 當許多物理或化學測量不能時，生物指標可以揭示污染物的間接生物效應。 通過生物指示劑，科學家只需要觀察單一的指示物種來檢查環境，而不是監測整個群落。 小型指示物種集也可用于預測多個分類群的物種豐富度。

生物監測器的使用被描述為生物監測，是利用生物體的特性來獲取有關生物圈某些方面的信息。 空氣污染物的生物監測可以是被動的也可以是主動的。 專家使用被動方法觀察感興趣區域內自然生長的植物。 通過將已知響應和基因型的測試植物放入研究區域，使用主動方法來檢測空氣污染物的存在。

生物監測器的使用被描述為生物監測。 這是指測量生物體的特定特性以獲得周圍物理和化學環境的信息。

生物累積指標通常被視為生物監測器。 根據選擇的生物體及其用途，有幾種類型的生物指示劑。

在大多數情況下，會收集預先確定的參考地點內生物條件的基線數據。 參考地點的特征必須是幾乎沒有或沒有外部干擾（例如人為干擾、土地利用變化、入侵物種）。 隨著時間的推移，在參考地點和研究區域內測量特定指示物種的生物條件。 將從研究區域收集的數據與從參考站點收集的類似數據進行比較，以推斷研究區域的相對環境健康或完整性。

一般來說，生物指示劑的一個重要限制是，當它們應用于地理和環境不同的區域時，它們被報告為不準確。 因此，使用生物指標的研究人員需要始終如一地確保每組指標都與他們計劃監測的環境條件相關。

生態系統中某些植物或其他植物生命的存在與否可以提供有關環境健康的重要線索：環境保護。 有幾種類型的植物生物監測器，包括苔蘚、地衣、樹皮、樹皮袋、年輪和樹葉。 真菌也可用作指示劑。