基礎作圖描述了用于識別基因座和基因間距離的方法。 基因作圖還可以描述基因內不同位點之間的距離。

所有基因組作圖的本質是將一組分子標記放置到它們在基因組上的各自位置上。 分子標記有各種形式。 在基因組圖譜的構建中，基因可以被視為一種特殊類型的遺傳標記，并以與任何其他標記相同的方式進行映射。 在某些研究領域，基因作圖有助于在生物體內產生新的重組體。

基因組作圖領域使用兩種不同類型的圖譜：遺傳圖譜和物理圖譜。 雖然這兩個圖譜都是遺傳標記和基因位點的集合，但遺傳圖譜的距離基于遺傳連鎖信息，而物理圖譜使用通常以堿基對數量衡量的實際物理距離。 雖然物理圖譜可以更準確地表示基因組，但遺傳圖譜通常可以深入了解染色體不同區域的性質，例如 遺傳距離與物理距離的比率在不同的基因組區域變化很大，這反映了不同的重組率，并且這種比率通常表示基因組的常染色質（通常是基因豐富）與異染色質（通常是基因貧乏）區域。

研究人員通過從攜帶顯著疾病或特征的家庭成員和不攜帶顯著疾病或特征的家庭成員那里收集血液、唾液或組織樣本來繪制基因圖譜。 基因作圖，尤其是個人基因組測試中最常用的樣本是唾液。 然后，科學家從樣本中分離出 DNA 并仔細檢查，尋找確實攜帶這種疾病的家庭成員的 DNA 中的獨特模式，以及那些未攜帶這種疾病的人的 DNA 中沒有的獨特模式。 DNA 中這些獨特的分子模式被稱為多態性或標記。

構建遺傳圖譜的xxx步是開發遺傳標記和繪制種群。 兩個標記在染色體上的距離越近，它們就越有可能一起傳遞給下一代。 因此，所有標記的共分離模式可用于重建它們的順序。 考慮到這一點，每個遺傳標記的基因型都會為父母雙方和后代的每個人記錄下來。 遺傳圖譜的質量在很大程度上取決于這些因素：圖譜上遺傳標記的數量和作圖種群的規模。 這兩個因素是相互關聯的，因為更大的繪圖人口可以增加地圖的分辨率并防止地圖飽和。

在基因作圖中，任何能夠忠實地區分兩個親本的序列特征都可以作為遺傳標記。 在這方面，基因表現為可以在兩個父母之間忠實地區分的特征。 它們與其他遺傳標記的聯系以相同的方式計算，就好像它們是共同標記一樣，然后將實際基因位點括在兩個最近的相鄰標記之間的區域中。 然后通過查看更多以該區域為目標的標記來重復整個過程，以將基因鄰域映射到更高分辨率，直到可以識別特定的致病基因座。 這個過程通常被稱為定位克隆，廣泛用于植物物種的研究。 一種植物物種，特別是利用定位克隆的植物物種是玉米。 遺傳圖譜的xxx優勢在于它可以僅根據表型效應識別基因的相對位置。

遺傳作圖是一種準確識別哪個染色體具有哪個基因并精確定位該基因在該特定染色體上的位置的方法。 作圖也是一種根據兩個基因之間的距離確定哪個基因最有可能重組的方法。 兩個基因之間的距離以稱為厘摩或地圖單位的單位測量，這些術語可以互換。 厘摩是基因之間的距離，其中一百個減數分裂產物中有一個是重組的。 兩個基因彼此越遠，它們重組的可能性就越大。 如果距離更近，則會發生相反的情況。

由于實際的堿基對距離通常很難或不可能直接測量，因此物理圖譜實際上是通過首先將基因組打散成層次更小的片段來構建的。 通過表征每個單片并重新組合在一起，這些小片段的重疊路徑或平鋪路徑將使研究人員能夠推斷出基因組特征之間的物理距離。 基因組的片段化可以通過限制酶切割或通過超聲處理等過程物理破碎基因組來實現。 切割后，通過電泳分離 DNA 片段。