鞭毛蟲是一種細胞或生物體，具有一個或多個鞭狀附屬物，稱為鞭毛。 鞭毛蟲一詞還描述了許多原核生物和真核生物的特定結構（或組織水平）特征及其運動方式。 該術語目前并不暗示擁有鞭毛的生物體的任何特定關系或分類。 然而，術語鞭毛蟲包含在其他術語中（例如甲藻和領鞭毛蟲），這些術語具有更正式的特征。

真核生物中的鞭毛由特征排列的微管支持，九個融合對圍繞著兩個中央單線態。 這些來自一個基體。 在一些鞭毛蟲中，鞭毛將食物引導到細胞口或嘴中，食物在這里被攝取。 鞭毛通常支持毛發，稱為鞭毛體，或包含桿狀體。 它們的超微結構在真核生物的分類中起著重要作用。

在原生動物和顯微鏡下的動物中，鞭毛蟲是一種具有一根或多根鞭毛的生物。 其他動物的一些細胞可能是有鞭毛的，例如大多數動物門的精子。 開花植物不產生鞭毛細胞，但蕨類植物、苔蘚、綠藻和一些裸子植物和密切相關的植物會產生鞭毛細胞。 同樣，大多數真菌不會產生帶有鞭毛的細胞，但原始真菌壺菌會產生。 許多原生生物采用單細胞鞭毛蟲的形式。

鞭毛通常用于推進。 它們也可以用來創造一股帶來食物的水流。 在大多數此類生物體中，一根或多根鞭毛位于細胞前部或靠近細胞前部，例如眼蟲。 通常有一個指向前方，一個指向后面。 在動物中，真菌是稱為后刺動物群的一部分，有一根后鞭毛。 它們來自鞭毛動物門。 它們會引起疾病，并且通常是異養的。 它們通過二元裂變繁殖。 他們大部分時間都在移動或進食。 許多影響人類健康或經濟的寄生蟲都是鞭毛蟲。 鞭毛蟲是水生生態系統初級和次級生產的主要消費者——消耗細菌和其他原生生物。

下面概述了真核生物群中鞭毛細胞的出現，作為多細胞生物的特化細胞或作為生命周期階段（另見文章鞭毛）：

• Archaeplastida：大多數綠藻（游動孢子和雄配子，Zygnematophyceae 除外）、苔蘚植物（雄配子）、蕨類植物（雄配子）、一些裸子植物（蘇鐵和銀杏，作為雄配子）
• 原生藻菌：中心硅藻（雄配子）、褐藻（游動孢子和配子）、卵菌（無性游動孢子和配子）、絲壺菌（游動孢子）、迷宮菌（游動孢子）、一些金藻、一些黃生菌、正柱體
• Alveolata：一些頂端復合體（配子）
• Rhizaria：一些放射蟲（可能是配子）、有孔蟲（作為配子）
  • 尾絲蟲：plasmodiophoromycetes（游動孢子和配子）、chlorarachniophytes（游動孢子）
• 變形蟲：粘胃動物
• Opisthokonta：大多數后生動物（雄性配子、上皮細胞和軟骨細胞）、壺菌（游動孢子和配子）
• Excavata：一些 acrasids（Pocheina，作為游動孢子）

在較早的分類中，有鞭毛的原生動物被歸類為鞭毛綱（= Mastigophora），有時分為植物鞭毛綱（= Phytomastigina，主要是自養）和動鞭毛綱（= Zoomastigina，異養）。 它們有時與肉鞭蟲目 (Sarcomastigophora) 中的肉足綱 (Sarcodina) 歸為一類。

自養鞭毛蟲的分組類似于用于相應藻類組的植物學方案。 無色鞭毛蟲通常分為三組，高度人工：

• Protomastigineae，其中全生代營養中食物顆粒的吸收發生在細胞表面的局部點，通常在細胞口，盡管許多組僅僅是腐生菌； 它包括大多數無色鞭毛蟲，甚至許多脫綠藻類；
• Pantostomatineae（或 Rhizomastigineae），其中吸收發生在細胞表面的任何點； 大致對應于變形蟲；

• Distomatineae，一組雙核雙個體，鞭毛對稱分布，在許多物種中，有兩個對稱的嘴； 大致對應于目前的雙胞胎目。

目前，已知這些群體是高度多系的。 在現代原生生物分類中，主要的有鞭毛類群屬于以下真核生物類群，其中還包括非鞭毛類群（A：自養；F：自由生活的異養；P：寄生；S：共生）。