微生物包囊是微生物（通常是細菌或原生生物，很少見是無脊椎動物）的休眠或休眠階段，可幫助生物體在不利的環境條件下生存。 它可以被認為是一種假死狀態，在這種狀態下，細胞的新陳代謝過程減慢，細胞停止所有活動，如進食和運動。 包囊，囊腫的形成，也有助于微生物容易地從一個宿主擴散到另一個宿主或更有利的環境。 當包囊微生物到達有利于其生長和生存的環境時，包囊壁會通過稱為排泄的過程分解。 在脫囊過程中，對于大多數原生生物來說，確切的刺激是未知的。

不利的環境條件，如缺乏營養或氧氣、極端溫度、缺乏水分和有毒化學物質的存在，不利于微生物的生長，會引發囊腫的形成。

包囊的主要功能是防止環境中的不利變化，例如營養缺乏、干燥、不良 pH 值和低濃度 O2，它們是核重組和細胞分裂的場所，在寄生物種中，它們是 主機。

在細菌（例如，固氮菌屬）中，包囊是通過細胞壁的變化發生的； 細胞質收縮，細胞壁變厚。 細菌包囊與內生孢子的不同之處在于它們的形成方式以及對不利條件的抵抗程度。 內生孢子比包囊更具抵抗力。

細菌并不總是形成單個包囊。 各種包囊形成事件是已知的。 例如，百日紅螺菌可以改變每個囊腫的細胞數量，通常每個囊腫有 4 到 10 個細胞，具體取決于環境。

原生生物，尤其是原生動物寄生蟲，在其生命周期的各個階段經常暴露在非常惡劣的條件下。 例如，溶組織內阿米巴是一種常見的引起痢疾的腸道寄生蟲，在到達腸道之前必須忍受胃部的高酸性環境，以及在宿主體外時的各種不可預知的條件，如干燥和缺乏營養。 包囊形式非常適合在這種極端條件下生存，盡管與細菌包囊相比，原生動物包囊對不利條件的抵抗力較差。 除了生存之外，某些原生動物包囊壁的化學成分可能在它們的傳播中發揮作用。 溶組織內阿米巴囊腫壁中存在的唾液酸基團賦予囊腫凈負電荷，防止其附著在腸壁上，從而導致其在糞便中消除。 其他原生動物腸道寄生蟲如藍氏賈第鞭毛蟲和隱孢子蟲也會產生囊腫作為其生命周期的一部分（見卵囊）。 由于囊腫外殼堅硬，隱孢子蟲和賈第鞭毛蟲對水處理設施使用的常見消毒劑（例如氯）具有抵抗力。 在一些原生動物中，單細胞生物在包囊期間或之后繁殖，并在排泄時釋放多個滋養體。

一些土壤棲息的植物寄生線蟲，例如大豆胞囊線蟲或馬鈴薯胞囊線蟲，形成胞囊是其生命周期的正常部分。

在紐約州農業學院植物病理學系進行的一項研究中，在 Heterodera rostochiensis（金色線蟲）中評估了包囊的存活率。 這項研究表明，包囊幼蟲的生存能力在 88% 和低于 2% 的相對濕度下迅速下降。 在 75°F 或 40°F 的相對濕度超過 80°F、20% 和 3% 的情況下，游離幼蟲無法長時間存活。 包囊幼蟲在干燥、潮濕和淹水土壤中的存活率隨著土壤水分的增加而迅速下降。 8個月的淹水后，雖然有些孢囊仍能存活，但在風干土壤中存活的數量最多。

各種類型的鰓足動物都可以產生滯育囊腫。 這是對生活在淡水或咸水棲息地的短暫池中的適應。 它還有助于通過風或鳥類的消化道傳播。 水蚤的包囊在埋藏 600 年后甚至復活了。 鰓足類動物的例子包括： Anostraca 中的 Artemia 和 Streptocephalus； Notostraca 的 Triops； Diplostraca 中的 Cyzicus； 以及枝角類中的 Alona、Latonopsis、Macrothrix、Moina 和 Sida。

在其他甲殼類動物中，一些介形類動物（例如 Cypridopsis、Cyprinotus、Physocypria 和 Potamocypris）會形成滯育囊腫。 在橈足類中，獨眼巨人也是如此。

輪蟲也會產生滯育囊腫。

包囊壁的組成在不同的生物體中是可變的。