在生物學中，病原體（希臘語：πìθο?，pathos suffering，passion 和 -γεν??，-genēs producer of）在最古老和最廣泛的意義上是指任何可以產生疾病的有機體或因子。 病原體也可稱為傳染原，或簡稱為細菌。

病原體一詞于 1880 年xxx始使用。 通常，術語病原體用于描述感染性微生物或病原體，例如病毒、細菌、原生動物、朊病毒、類病毒或真菌。 蠕蟲和昆蟲等小動物也可以引起或傳播疾病。 然而，這些動物通常被稱為寄生蟲而不是病原體。 對包括微觀病原生物在內的微觀生物的科學研究稱為微生物學，而寄生蟲學是指對寄生蟲及其寄主生物的科學研究。

病原體可以通過多種途徑侵入宿主。 主要途徑具有不同的階段性時間框架，但土壤具有最長或最持久的病原體潛伏潛力。

由傳染原引起的人類疾病稱為致病性疾病。 并非所有疾病都是由病原體引起的，其他原因包括毒素、遺傳疾病和宿主自身的免疫系統。

病原體性是病原體潛在的致病能力。 病原體在含義上與毒力有關，但一些權威人士將其區分為定性術語，而后者是定量的。 按照這個標準，一種生物體在特定情況下可以說是致病性或非致病性的，但不會比另一種更致病。 這種比較是根據相對毒力來描述的。 發病率也不同于病毒的傳播能力，后者量化了感染的風險。

病原體可以根據其產生毒素、進入組織、定植、劫持營養的能力及其免疫抑制宿主的能力來描述。

當細菌被確定為疾病的原因時，通常將整個細菌物種稱為致病菌（參見 Koch 的假設）。 然而，現代觀點認為，致病性取決于整個微生物生態系統。 細菌可能參與免疫受損宿主的機會性感染，通過質粒感染獲得毒力因子，轉移到宿主內的不同部位，或對存在的其他細菌總數的變化作出反應。 例如，耶爾森氏菌感染小鼠的腸系膜淋巴腺可以為乳酸桿菌對這些部位的持續感染掃清道路，這可能是通過免疫瘢痕形成機制實現的。

當病原體可以從患病宿主傳播時，盡管宿主變得虛弱，毒力（病原體降低宿主健康的趨勢）就會進化。 水平傳播發生在同一物種的宿主之間，與垂直傳播相反，垂直傳播通過將病原體的進化成功與宿主的進化成功聯系起來，趨向于向共生進化（在種群中發生高發病率和死亡率的時期之后） 宿主生物體。 進化生物學提出，許多病原體進化出一種最佳毒力，在這種毒力下，通過增加復制率獲得的適應性與減少傳播的權衡相平衡，但這些關系背后的確切機制仍然存在爭議。

病原體通過許多不同的途徑傳播，包括空氣傳播、直接或間接接觸、性接觸、通過血液、母乳或其他體液，以及通過糞口途徑。

藻類是單細胞真核生物，通常是非致病性的，但確實存在致病性變種。 原藻病是一種在狗、貓、牛和人類中發現的疾病，由一種稱為原藻的綠藻引起，這種藻類缺乏葉綠素。 Prototheca wickerhami 通常存在于土壤和污水中，是大多數罕見的原藻病感染人類病例的原因。

絕大多數細菌的長度在 0.15 到 700 μM 之間，對人類無害或有益。 然而，相對較少的病原菌清單可引起傳染病。 病原體細菌有幾種致病方式。 它們可以直接影響宿主細胞，產生破壞宿主細胞的內毒素，或者引起足夠強烈的免疫反應，使宿主細胞受損。

疾病負擔最高的細菌性疾病之一是結核病，由結核分枝桿菌引起，2013 年導致 150 萬人死亡，其中大部分在撒哈拉以南非洲地區。 病原體細菌導致其他全球性重大疾病，例如肺炎，這可能是由鏈球菌和 P 等細菌引起的。