致病真菌是引起人類或其他生物體疾病的真菌。 已知大約有 300 種真菌對人類具有致病性。 已知對植物生命具有致病性的真菌明顯多于動物界的真菌。 對人類致病真菌的研究稱為醫學真菌學。 雖然真菌是真核生物，但許多致病真菌是微生物。 對植物致病的真菌和其他生物的研究稱為植物病理學。

念珠菌屬會導致免疫系統缺陷的個體感染。 Th1 型細胞介導免疫 (CMI) 是清除真菌感染所必需的。白色念珠菌是一種二倍體酵母，通常存在于人類腸道微生物群落中。 白色念珠菌是人類的機會性病原體。 這種真菌可能會異常過度生長，尤其是在免疫功能低下的個體中。 C. albicans 有一個似乎受到環境壓力刺激的性循環。

其他種類的念珠菌也可能具有致病性，包括星形念珠菌、熱帶念珠菌、假熱帶念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌和吉列蒙念珠菌。

最常見的致病菌種是煙曲霉和黃曲霉。 黃曲霉產生黃曲霉毒素，黃曲霉毒素既是毒素又是致癌物，可能會污染堅果等食物。 煙曲霉和棒曲霉可引起過敏性疾病。 某些曲霉菌會導致糧食作物（尤其是玉米）病害，并合成包括黃曲霉毒素在內的霉菌毒素。 曲霉菌病是由曲霉菌引起的一組疾病。 癥狀包括發燒、咳嗽、胸痛或呼吸困難。 通常，只有免疫系統較弱或患有其他肺部疾病的患者易感。

煙曲霉的孢子在大氣中無處不在。 A. fumigatus 是一種機會致病菌。 它可能在免疫功能低下的個體中引起潛在致命的侵入性感染。 A. fumigatus 具有功能齊全的性周期，可產生閉囊殼和子囊孢子。

新型隱球菌可在感染 HIV 和 AIDS 的患者中引起嚴重形式的腦膜炎和腦膜腦炎。 大多數隱球菌屬物種生活在土壤中，不會引起人類疾病。 新型隱球菌是人類和動物的主要病原體。 Papiliotrema laurentii 和 Naganishia albida 以前都被稱為隱球菌，已知偶爾會在免疫力受損的人類患者中引起中度至重度疾病。 格特隱球菌是非洲大陸和澳大利亞熱帶地區的地方病，可導致免疫功能低下的人群患病。

感染的新型隱球菌細胞通常被肺中的肺泡巨噬細胞吞噬。 入侵的新型隱球菌細胞可能會被這些巨噬細胞釋放的氧化分子和亞xxx分子殺死。 然而，一些新型隱球菌細胞可能在巨噬細胞內存活。 病原體在巨噬細胞內存活的能力可能決定了疾病的潛伏期、傳播和對抗真菌劑的抗性。 為了在巨噬細胞惡劣的細胞內環境中生存，新型隱球菌的反應之一是上調用于應對氧化應激的基因。

新型隱球菌的單倍體細胞核可以進行核融合（核配子）成為二倍體。 然后，這些二倍體細胞核可能會經歷減數分裂，包括重組，從而形成能夠分散的單倍體擔子孢子。 減數分裂可能有助于修復新生隱球菌 DNA 以應對巨噬細胞的挑戰。

莢膜組織胞漿菌可引起人類、狗和貓的組織胞漿菌病。 這種真菌在美洲、印度和東南亞最為普遍。 它在美國某些地區流行。 感染通常是由于吸入受污染的空氣。

耶氏肺孢子蟲（或卡氏肺孢子蟲）可在免疫系統較弱的人群中引起一種肺炎，例如早產兒、老人和艾滋病患者。

Stachybotrys chartarum 或黑色霉菌會導致呼吸系統損傷和嚴重頭痛。 它經常發生在房屋和長期潮濕的地區。

哺乳動物的吸熱和恒溫是針對大多數真菌的有效非特異性防御。 一項比較基因組研究發現，在機會性真菌中，除了在 37°C 下生長的能力外，幾乎沒有任何專門的毒力特性與人類真菌的機會性致病性一致。

皮膚、呼吸道、胃腸道和生殖泌尿道引起的炎癥是真菌感染的常見身體部位。

研究表明，具有較高水平的宿主.