根瘤菌目是革蘭氏陰性 Alphaproteobacteria 的一個目。

固氮并與植物根系共生的根瘤菌出現在幾個不同的科中。 Nitrobacteraceae、Hyphomicrobiaceae、Phyllobacteriaceae 和 Rhizobiaceae 這四個科至少包含幾個固氮、豆類結瘤、微生物共生細菌屬。 例子是慢生根瘤菌屬和根瘤菌屬。 甲基囊藻科的物種是甲烷氧化菌； 他們使用甲醇 (CH3OH) 或甲烷 (CH4) 作為xxx的能源和碳源。 其他重要屬是人類病原體巴爾通體和布魯氏菌，以及農桿菌（可用于基因工程）。

• Aestuariivirgaceae Li 等人。 2019
• Afifellaceae H?rdt 等人。 2020
• Ahrensiaceae H?rdt 等人。 2020
• Alsobacteraceae Sun 等人。 2018
• Amorphaceae H?rdt 等人。 2020
• Ancalomicrobiaceae Dahal 等人。 2018
• Aurantimonadaceae H?rdt 等人。 2020
• Bartonellaceae Gieszczykiewicz 1939（1980 年批準名錄）
• Beijerinckiaceae Garrity 等人。 2006
• Blastochloridaceae H?rdt 等人。 2020
• Boseaceae H?rdt 等人。 2020
• Breoghaniaceae H?rdt 等人。 2020
• 布魯氏菌品種等。 1957 年（1980 年批準名單）
• Chelatococcaceae Dedysh 等人。 2016
• Cohaesibacteraceae Hwang 和 Cho 2008
• Devosiaceae H?rdt 等人。 2020
• Hyphomicrobiaceae Babudieri 1950（1980 年批準清單）
• Kaistiaceae H?rdt 等人。 2020
• 地衣桿菌科 Pankratov 等人。 2020
• 地衣科 Noh 等人。 2019
• 甲基桿菌科 Garrity 等。 2006
• 甲基囊藻科 Bowman 2006
• Nitrobacteraceae 更正。 布坎南 1917 年（1980 年批準名單）
• Notoacmeibacteraceae Huang 等人。 2017
• 小桿菌科 H?rdt 等人。 2020
• Phreatobacteraceae H?rdt 等人。 2020
• Phyllobacteriaceae Mergaert 和 Swings 2006
• 多形單胞菌科 H?rdt 等。 2020
• Pseudoxanthobacteraceae H?rdt 等人。 2020
• Rhabdaerophilaceae Ming 等。 2020
• Rhizobiaceae Conn 1938（1980 年批準名錄）
• Rhodobiaceae Garrity 等人。 2006
• Roseiarcaceae Kulichevskaya 等人。 2014
• Salinarimonadaceae Cole 等人。 2018
• Segnochrobactraceae Akter 等人。 2020
• Stappiaceae H?rdt 等人。 2020
• Tepidamorphaceae H?rdt 等人。 2020
• Xanthobacteraceae Lee 等人。 2005

以下屬尚未分配到一個家庭：

• Flaviflagellibacter Dong 等人。 2019

這些分類單元已發表，但尚未根據《細菌學法典》進行驗證：

• Nordella La Scola 等人。 2004
• Propynellaceae Liu 等人。 2021年
  • Propylenella Liu 等人。 2021年
    • Propylenella binzhouense Liu 等。 2021
• Thermopetrobacter Sislak 2013

目前公認的分類學是基于原核生物名稱列表，在命名法中具有地位，而系統發育是基于全基因組序列。

根瘤菌科

外群

至少有四種根瘤菌目物種報道了自然遺傳轉化：根癌農桿菌、嗜有機甲基桿菌、Ensifer adhaerens 和 Bradyrhizobium japonicum。 自然遺傳轉化是一種有性過程，涉及通過中間介質將 DNA 從一個細菌細胞轉移到另一個細菌細胞，以及通過同源重組將供體序列整合到受體基因組中。