菌根（源自希臘語 μ?κη? mykēs，真菌和 ??ζα rhiza，根；復數菌根、菌根或菌根）是一種真菌和植物之間的共生關系。 菌根一詞指的是真菌在植物根際及其根系中的作用。 菌根在植物營養、土壤生物學和土壤化學中起著重要作用。

在菌根聯合體中，真菌定殖在宿主植物的根組織中，如在叢枝菌根真菌（AMF 或 AM）中的細胞內，或在外生菌根真菌中的細胞外。 這種聯系有時是互利的。 在特定物種或特定情況下，菌根可能與寄主植物有寄生關系。

菌根是綠色植物和真菌之間的共生關系。 植物通過光合作用制造糖等有機分子，并將它們提供給真菌，而真菌則為植物提供水和從土壤中提取的磷等礦物質養分。 菌根位于維管束植物的根部，但苔蘚植物中也存在類似菌根的聯合體，并且有化石證據表明，缺乏根的早期陸生植物形成了叢枝菌根聯合體。 大多數植物物種形成菌根聯合體，但有些科如十字花科和藜科則不能。 下一節將詳細介紹協會的不同形式。 最常見的是叢枝型，它存在于 70% 的植物物種中，包括小麥和水稻等許多農作物。

化石和遺傳證據表明，菌根很古老，可能與植物的陸地化一樣古老。 遺傳證據表明，所有陸生植物都有一個共同的祖先，該祖先似乎很快就采用了菌根共生，研究表明，原菌根真菌是實現植物陸生化的關鍵因素。 4 億年前的 Rhynie 燧石包含一組保存得非常詳細的植物化石，在 Aglaophyton major 的莖中觀察到叢枝菌根，這為晚期菌根共生的發展提供了一個下限。 外生菌根的發展較晚，在侏羅紀時期，而大多數其他現代菌根科，包括蘭科植物和 erchoid 菌根，可追溯到白堊紀被子植物輻射時期。 有遺傳證據表明，豆科植物與固氮細菌之間的共生關系是菌根共生關系的延伸。 菌根真菌的現代分布似乎反映了與新生代被子植物的優勢相關的根系形態的日益復雜和競爭，其特征是物種之間復雜的生態動力學。

菌根通常分為外生菌根和內生菌根。 這兩種類型的區別在于外生菌根真菌的菌絲不穿透根內的單個細胞，而內生菌根真菌的菌絲穿透細胞壁并內陷細胞膜。 內生菌根包括叢枝菌根、杜鵑花菌根和蘭花菌根，而熊果菌根可歸類為外內生菌根。 Monotropoid 菌根形成一個特殊的類別。

外生菌根或 EcM 是大約 10% 植物科的根部之間的共生關系，主要是木本植物，包括樺樹、龍腦香科、桉樹、橡樹、松樹和玫瑰科、蘭科植物以及屬于擔子菌門、子囊菌門和 接合菌門。 一些 EcM 真菌，例如許多 Leccinum 和 Suillus，僅與一種特定的植物屬共生，而其他真菌，例如鵝膏菌，是與許多不同植物形成菌根的通才。 一棵樹可能同時有 15 個或更多不同的真菌 EcM 伙伴。 存在數以千計的外生菌根真菌物種，寄主在 200 多個屬中。

最近的一項研究保守估計全球外生菌根真菌物種豐富度約為 7750 種，盡管根據對大型真菌多樣性已知和未知的估計，ECM 物種豐富度的最終估計可能在 20,000 到 25,000 之間。

外生菌根由覆蓋根尖的菌絲鞘或外套膜和圍繞根皮層內植物細胞的 Hartig 菌絲網組成。 在某些情況下，菌絲還可以穿透植物細胞，在這種情況下，菌根被稱為外生菌根。 在根外，外生菌根基質外菌絲體在土壤和落葉層內形成廣泛的網絡。

可以證明營養物質通過真菌網絡在不同植物之間移動。 碳已被證明可以從紙樺樹轉移到花旗松樹中，從而促進生態系統的演替。