命名法的植物學和動物學法典對同義詞的概念有不同的處理。

• 在植物學命名法中，同義詞是適用于（現在）使用不同科學名稱的分類單元的科學名稱。 例如，林奈 (Linnaeus) 是xxx個為挪威云杉命名（根據目前使用的科學命名系統）的人，他將其稱為 Pinus abies。 此名稱不再使用，因此它現在是當前學名 Picea abies 的同義詞。
• 在動物學中，將一個物種從一個屬轉移到另一個屬會產生不同的雙名，但該名稱被視為替代組合而不是同義詞。 動物學中的同義詞概念是為同一等級的兩個名稱保留的，這些名稱指的是該等級的分類單元 - 例如，名稱 Papilio prorsa Linnaeus, 1758 是 Papilio levana Linnaeus, 1758 的初級同義詞，是不同季節的名稱 該物種的形式現在稱為 Araschnia levana（林奈，1758 年），地圖蝴蝶。 然而，Araschnia levana 在動物學規范所采用的分類學意義上并不是 Papilio levana 的同義詞。

與其他上下文中的同義詞不同，在分類學中，同義詞不能與作為同義詞的名稱互換。 在分類學中，同義詞不是等同的，而是具有不同的地位。 對于具有特定范圍、位置和等級的任何分類單元，在任何給定時間只有一個科學名稱被認為是正確的（這個正確的名稱將通過應用相關的命名代碼來確定）。 同義詞不能孤立存在：它始終是不同學名的替代。 鑒于分類單元的正確名稱取決于所使用的分類學觀點（導致特定的范圍、位置和等級），作為一個分類學家的同義詞的名稱可能是另一個分類學家的正確名稱（反之亦然）。

每當同一個分類單元被獨立地描述和命名不止一次時，就可能出現同義詞。 它們也可能在現有分類群發生變化時出現，例如當兩個分類群合并成為一個分類群時，一個物種移至不同的屬，一個變種移至不同的物種等。當命名代碼發生變化時，同義詞也會出現 , 因此不再接受舊名稱； 例如，Erica herbacea L. 已被 Erica carnea L. 拒絕，因此是它的同義詞。

對于科學名稱的一般用戶，在農業、園藝、生態學、普通科學等領域，同義詞是以前用作正確科學名稱（在手冊和類似來源中）但已被替換的名稱 用另一個學名，現在被認為是正確的。 因此，牛津在線詞典將該術語定義為與另一個具有相同應用的分類學名稱，尤其是已被取代且不再有效的分類名稱。 在手冊和一般文本中，在當前學名之后提及同義詞是很有用的，以避免混淆。 例如，如果經過廣為宣傳的名稱更改，果蠅的學名更改為 Sophophora melanogaster，如果提及該名稱并附上（syn.Drosophila melanogaster），將會非常有幫助。 以這種方式使用的同義詞可能并不總是符合管理科學名稱的正式命名規則中術語同義詞的嚴格定義（見下文）。

科學名稱的變化有兩個原因：它們可能是分類學或命名法。 名稱的變化可能是由分類單元的范圍、位置或等級的變化引起的，代表了分類學和科學見解的變化（如上文提到的果蠅的情況）。 名稱更改可能是由于純粹的命名原因，即基于命名規則； 例如，當（重新）發現一個比當前名稱優先的舊名稱時。 總的來說，由于命名規則允許保留名稱，以促進科學名稱的穩定性，因此隨著時間的推移，由于命名原因而更改名稱的頻率越來越低。

在動物學命名法中，編入國際動物學命名法典，同義詞是屬于同一分類單元的同一分類等級的不同科學名稱。 例如，隨著時間的推移，一個特定的物種可能有兩個或更多的物種等級名稱被公布，而這同樣適用于更高等級的物種，如屬、科、目等。在每種情況下，最早公布的名稱 稱為高級同義詞，而后期名稱稱為初級同義詞。 如果同一分類單元的兩個名稱同時發布，則根據xxx個修訂者的原則選擇有效名稱，例如，名稱 Strix scandiaca 和 Strix noctua (Aves)，均由 Linnaeus 發布 在同一個窩。