內骨骼（源自希臘語 ?νδον，éndon = within，inner + σκελετ??，skeletos = skeleton）是動物的內部支撐結構，由礦化組織組成。

內骨骼是身體內部的骨骼，例如人、狗或某些魚。 內骨骼在皮膚或更深的身體組織中發育。 脊椎動物的內骨骼基本上由兩種類型的組織（骨骼和軟骨）組成。 在早期胚胎發育過程中，內骨骼由脊索和軟骨組成。 大多數脊椎動物的脊索被脊柱取代，大多數成年人的軟骨被骨骼取代。 在三個門和一個動物亞類中，發現了各種復雜的內骨骼：脊索動物門、棘皮動物門、多孔動物門和鞘翅目。 內骨骼可能純粹用于支撐（如海綿的情況），但通常用作肌肉的附著點和傳遞肌肉力量的機制。 真正的內骨骼來源于中胚層組織。 這種骨架存在于棘皮動物和脊索動物中。 poriferan 骨骼由微觀鈣質或硅質骨針或海綿網絡組成。

Coleoidea 在進化意義上沒有真正的內骨骼。 在那里，軟體動物的外骨骼演變成多種內部結構，墨魚的墨魚骨是最著名的版本。 然而，它們的身體確實有軟骨組織，即使它沒有礦化，尤其是在頭部，它形成了原始的顱骨。 內骨骼為身體提供形狀、支撐和保護，并提供運動方式。