有機肥是有機物，在農業中用作有機肥料。 大多數糞便由動物糞便組成； 其他來源包括堆肥和綠肥。 有機肥通過添加土壤中細菌、真菌和其他生物所利用的有機質和養分（例如氮）來促進土壤肥力。 然后，高等生物以構成土壤食物網的生命鏈中的真菌和細菌為食。

根據歸因于 Cassianus Bassus 的拜占庭傳統，豬糞通常不能用作肥料，杏樹除外。 Columella 記錄的類似觀點與后來幾個世紀的伊斯蘭教禁忌無關，盡管中世紀的安達盧西亞作家 Ibn Bassal 和一些后來的也門作家也記錄了豬糞燃燒植物的負面影響。 伊本·巴薩爾 (Ibn Bassal) 將一種混有稻草或清掃物的混合肥料描述為 mudaf，暗示它不僅僅由糞便組成。 洗熱水澡后排出的糞便包括尿液和人體排泄物，伊本·巴薩爾 (Ibn Bassal) 將其描述為干燥和咸味的，除非與糞便混合，否則不適合用作肥料。 Ibn Bassal 給出了兩種用于堆肥鴿子 (hamam) 和可能的驢 (himar) 糞便的配方，但翻譯不確定。 Bassal 說，鴿糞的過熱和潮濕特性對較弱和較不耐寒的植物非常有效，尤其是那些受低溫影響的植物。

21 世紀用于土壤管理的肥料主要分為三類：

大多數動物糞便由糞便組成。 動物糞便的常見形式包括農家肥 (FYM) 或農場泥漿（液體肥料）。 FYM 還含有植物材料（通常是稻草），用作動物的墊料并吸收了糞便和尿液。 液體形式的農肥，稱為泥漿，是由更集約化的牲畜飼養系統生產的，在該系統中使用混凝土或板條，而不是稻草墊層。 不同動物的有機肥品質不同，用作肥料時需要不同的施用量。 例如，馬、牛、豬、羊、雞、火雞、兔子以及海鳥和蝙蝠的鳥糞都有不同的屬性。 例如，羊糞中氮和鉀含量高，而豬糞中兩者含量相對較低。 馬主要吃草和一些雜草，所以馬糞中可能含有草和雜草種子，因為馬不像牛那樣消化種子。 牛糞是氮和有機碳的良好來源。 來自鳥類的雞糞富含氮和磷酸鹽，因這兩種特性而備受推崇。

動物糞便可能摻假或被其他動物產品污染，例如羊毛（劣質毛發和其他毛發）、羽毛、血液和骨頭。 由于溢出，牲畜飼料可能與糞便混合。 例如，雞經常被喂食肉和骨粉，這是一種動物產品，最終可能會與雞糞混合在一起。

堆肥是有機材料的分解殘余物。 它通常是植物來源的，但通常包括一些動物糞便或墊料。

綠肥是專門為了耕種而種植的作物，從而通過將養分和有機物質納入土壤來增加肥力。 豆科植物如三葉草通常用于此，因為它們在根結構的特殊節點中使用根瘤菌固定氮。

用作糞便的其他類型的植物物質包括被屠宰的反芻動物的瘤胃內容物、酒糟（釀造啤酒時剩下的）和海藻。

動物糞便，如雞糞和牛糞，幾個世紀以來一直被用作農業肥料。 它可以改善土壤結構（團聚），使土壤保持更多的養分和水分，從而變得更加肥沃。 動物糞便還促進土壤微生物活動，促進土壤微量礦物質供應，改善植物營養。 它還含有一些有助于植物生長的氮和其他營養物質。

氣味是動物糞便的一個明顯且主要的問題。 豬糞中的成分包括低分子量羧酸、乙酸、丙酸、丁酸和戊酸。 其他成分包括糞臭素和三甲胺。

具有特別難聞氣味的動物糞便（例如集約化養豬場產生的泥漿）通常被直接挖（注入）到土壤中以減少氣味的釋放。 豬和牛的有機肥通常使用撒肥機撒播在田間。 由于植物性物質中蛋白質含量相對較低，食草動物糞便的氣味比食肉動物或雜食動物的糞便要溫和。 然而，經過厭氧發酵的食草動物漿液可能會散發出更多難聞的氣味，這在某些農業地區可能是一個問題。 新鮮的家禽糞便對植物有害。