根瘤菌科是假單胞菌門的一個家族，包含多個增強和阻礙植物發育的亞群。 該家族中發現的一些細菌用于植物營養并共同構成根瘤菌。 其他細菌如根癌農桿菌和發根根瘤菌分別嚴重改變植物誘導冠癭或毛根的能力的發育。 幾個世紀以來，科學家們一直對這個家族感興趣，因為他們能夠與植物結合并改變植物的發育。 根瘤菌科與所有假單胞菌一樣，是革蘭氏陰性菌。 它們是有氧的，細胞通常是桿狀的。 根瘤菌科的許多種屬固氮菌，與植物根系共生。

根瘤菌科包括以下屬：

• Agrobacterium Conn 1942（1980 年批準清單）
• Allorhizobium de Lajudie 等。 1998
• Ciceribacter Kathiravan 等人。 2013
• Endobacterium Menéndez 等人。 2021
• Ensifer Casida 1982
• Gellertiella Tóth 等人。 2017
• Georhizobium Cao 等。 2020
• Hoeflea Peix 等人。 2005
• Lentilitoribacter Park 等人。 2013
• Liberibacter Fagen 等人。 2014
• Martelella Rivas 等人。 2005
• Mycoplana Gray 和 Thornton 1928（1980 年批準名單）
• Neopararhizobium H?rdt 等人。 2020
• 新根瘤菌 Mousavi 等。 2015
• Onobrychidicola Ashrafi 等。 2022
• Pararhizobium Mousavi 等。 2016
• Peteryoungia Rahi 等人。 2021
• Pseudorhizobium Kimes 等人。 2017
• Rhizobium Frank 1889（1980 年批準列表）
• Shinella An 等人。 2006
• Sinorhizobium Chen 等人。 1988
• Xaviernesmea Kuzmanovi? 等人。 2022

目前接受的分類法是基于原核生物命名列表 (LPSN)。 系統發育基于全基因組分析。

副根瘤菌

外群

葉桿菌科