脈沖場凝膠電泳是一種通過向凝膠基質施加周期性改變方向的電場來分離大 DNA 分子的技術。

用于分離 DNA 分子的標準凝膠電泳技術為分子生物學研究提供了巨大的優勢。 然而，它無法有效分離非常大的 DNA 分子。 通過凝膠遷移的大于 15-20 kb 的 DNA 分子基本上將以與大小無關的方式一起移動。 1984 年，在哥倫比亞大學，David C. Schwartz 和 Charles Cantor 通過引入交流電壓梯度來提高大分子的分辨率，從而開發了標準方案的變體。這項技術被稱為脈沖場凝膠電泳 (PFGE)。 PFGE 的發展將 DNA 片段的分辨率范圍擴大了兩個數量級。

該技術的過程與執行標準凝膠電泳相對相似，除了不是在一個方向上持續運行電壓，而是在三個方向之間周期性地切換電壓； 一個穿過凝膠的中心軸，兩個以每側 60 度角運行。 每個方向的脈沖時間相等，導致 DNA 的凈向前遷移。 對于非常大的分子（xxx約 2 Mb），可以使用開關間隔斜坡，在幾個小時內增加每個方向的脈沖時間——例如，從 0 的 10 秒開始線性增加脈沖 小時到 60 秒在 18 小時。

由于要解析的片段大小以及 DNA 不會沿凝膠直線移動這一事實，此過程比普通凝膠電泳需要更長的時間。

雖然通常小片段比大 DNA 片段更容易穿過凝膠基質，但閾值長度存在于 30-50 kb 以上，所有大片段將以相同的速率運行，并在凝膠中顯示為單個大擴散 樂隊。

然而，隨著場方向的周期性變化，不同長度的 DNA 以不同的速率對變化作出反應。 也就是說，當場方向改變時，較大的 DNA 片段將更慢地重新排列它們的電荷，而較小的片段會更快。 隨著時間的推移，隨著方向的不斷變化，每個帶將開始越來越多地分離，甚至在非常大的長度上也是如此。 因此，使用 PFGE 分離非常大的 DNA 片段成為可能。

PFGE 可用于基因分型或基因指紋識別。 幾十年來，它通常被認為是病原體流行病學研究的金標準。 例如，用這種方法對細菌分離株進行分型，可以更容易地區分單核細胞增生李斯特菌、加維氏乳球菌和從疾病水生生物中分離出的蠟樣芽孢桿菌群的一些臨床分離株，從而將環境或食品分離株與臨床感染聯系起來。 它現在正在被下一代測序方法所取代。