國際人類基因組單體型圖計劃

國際人類基因組單體型圖計劃是一個旨在開發人類基因組單倍型圖譜（HapMap）的組織，以描述人類遺傳變異的共同模式。 HapMap 用于發現影響健康、疾病以及對藥物和環境因素的反應的遺傳變異。 該項目產生的信息可免費用于研究。

國際人因組單體型計劃是加拿大、中國（包括香港）、日本、尼日利亞、英國和美國的學術中心、非營利性生物醫學研究團體和私營公司的研究人員之間的合作。 它于2002年10月27日至29日召開會議正式啟動，預計歷時三年左右。 它包括兩個階段； 第一階段獲得的完整數據于 2005 年 10 月 27 日發布。第二階段數據集的分析于 2007 年 10 月發布。第三階段數據集于 2009 年春季發布，展示最終結果的出版物于 2010 年 9 月發布。

與罕見的孟德爾疾病不同，不同基因和環境的組合在常見疾病（如糖尿病、癌癥、心臟病、中風、抑郁癥和哮喘）的發生和發展中發揮作用，或在個體對藥物的反應中發揮作用 代理商。 為了找到與這些疾病有關的遺傳因素，原則上可以進行全基因組關聯研究：獲得幾個個體的完整基因序列，一些患有疾病，一些沒有，然后尋找兩組基因組之間的差異 . 當時，由于全基因組測序的成本，這種方法不可行。 HapMap 項目提出了一條捷徑。

盡管任何兩個不相關的人共享大約 99.5% 的 DNA 序列，但他們的基因組在特定核苷酸位置不同。 此類位點稱為單核苷酸多態性 (SNP)，每種可能產生的基因形式稱為等位基因。 HapMap 項目只關注常見的 SNP，即每個等位基因至少在 1% 的人群中出現的 SNP。

除了男性的性染色體外，每個人都有所有染色體的兩個副本。 對于每個 SNP，一個人擁有的等位基因組合稱為基因型。 基因分型是指揭示一個人在特定地點的基因型。 HapMap 項目選擇了 269 個個體的樣本，并選擇了數百萬個定義明確的 SNP，對這些 SNP 的個體進行基因分型，并公布了結果。

單個染色體上附近 SNP 的等位基因是相關的。 具體來說，如果給定個體的一個 SNP 的等位基因已知，則通常可以預測附近 SNP 的等位基因，這一過程稱為基因型插補。 這是因為每個 SNP 在進化史上都是作為一個單點突變出現的，然后在被其他更早的點突變包圍的染色體上傳遞下去。 在染色體上相距很遠的 SNP 通常沒有很好的相關性，因為重組發生在每一代中并且混合了兩條染色體的等位基因序列。 特定染色體上的連續等位基因序列稱為單倍型。

要找到與特定疾病有關的遺傳因素，可以按以下步驟進行。 首先確定基因組中某個感興趣的區域，可能來自早期的遺傳研究。 在該區域中，我們從 HapMap 數據中定位了一組標簽 SNP； 這些是與該地區所有其他 SNP 密切相關的 SNP。 使用這些，基因型插補可用于確定（插補）其他 SNP，從而以高置信度確定整個單倍型。 接下來，確定幾個個體中這些標簽 SNP 的基因型，其中一些患有疾病，一些沒有。

通過比較兩組，可以確定與疾病有關的可能位置和單倍型。

單倍型通常在人群之間共享，但它們的頻率可能相差很大。 選擇了四個人群納入 HapMap：來自尼日利亞伊巴丹 (YRI) 的 30 名成年和父母雙方的約魯巴三人組、30 名北歐和西歐血統的猶他州居民三人組 (CEU)、44 名來自東京的無關日本人、 日本 (JPT) 和來自中國北京 (CHB) 的 45 名無關的漢族人。 雖然從這些人群中揭示的單倍型應該對研究許多其他人群有用，但平行研究目前正在檢查在項目中包括額外人群的有用性。

所有樣本都是在獲得適當知情同意的情況下通過社區參與過程收集的。 社區參與過程旨在確定并嘗試回應特定文化的問題，并讓參與社區參與知情同意和樣本收集過程。