比較基因組雜交 (CGH) 是一種分子細胞遺傳學方法，用于分析與參考樣本相比，測試樣本 DNA 中倍性水平的拷貝數變異 (CNV)，無需培養細胞。 該技術的目的是快速有效地比較來自兩個來源的兩個基因組 DNA 樣本，這兩個來源通常是密切相關的，因為懷疑它們在整個染色體或亞染色體區域的增益或丟失方面存在差異（ 整個染色體的一部分）。 該技術最初是為評估實體瘤和正常組織的染色體互補物之間的差異而開發的，與更傳統的吉姆薩顯帶和熒光原位雜交 (FISH) 細胞遺傳學分析技術相比，分辨率提高了 5-10 兆堿基 ) 受所用顯微鏡分辨率的限制。

這是通過使用競爭性熒光原位雜交實現的。 簡而言之，這涉及從要比較的兩個來源中分離 DNA，最常見的是測試和參考來源，用不同顏色（通常是紅色和綠色）的熒光團（熒光分子）獨立標記每個 DNA 樣本，變性 DNA 使其成為單鏈，并將兩個所得樣本以 1:1 的比例雜交到染色體的正常中期擴散，標記的 DNA 樣本將在其起源位點與其結合。 使用熒光顯微鏡和計算機軟件，然后沿著每條染色體的長度比較不同顏色的熒光信號，以識別兩個來源之間的染色體差異。 染色體特定區域的測試樣本顏色強度越高，表明相應源樣本中該區域的物質增加，而參考樣本顏色的強度越高，表明該特定區域的測試樣本物質損失 地區。 中性顏色（當熒光團標簽為紅色和綠色時為黃色）表示該位置的兩個樣本之間沒有差異。

CGH 只能檢測不平衡的染色體異常。 這是因為相互易位、倒位或環狀染色體等平衡染色體異常不會影響拷貝數，而拷貝數是 CGH 技術檢測到的。 然而，CGH 確實允許在單一測試中探索所有 46 條人類染色體并發現缺失和重復，甚至在微觀尺度上，這可能導致識別候選基因，以通過其他細胞學技術進一步探索。

通過將 DNA 微陣列與 CGH 技術結合使用，已經開發出更具體形式的陣列 CGH (aCGH)，允許對 CNV 進行逐個基因座測量，分辨率提高至 100 千堿基。 這種改進的技術允許發現已知和未知病癥的病因。

CGH 發展的潛在動機源于這樣一個事實，即當時可用的細胞遺傳學分析形式的潛在分辨率受到解釋其提供的結果所必需的顯微鏡的限制。 此外，giemsa 帶解釋有可能是模棱兩可的，因此降低了可靠性，并且這兩種技術都需要大量的勞動力投入，這限制了可以檢查的位點。

得出的結論是，獲得的熒光比率是準確的，并且可以檢測到來自不同細胞類型的基因組 DNA 之間的差異，因此 CGH 是一種非常有用的細胞遺傳學分析工具。