異染色質是一種緊密堆積的 DNA 或濃縮 DNA，有多種形式。 這些變體介于組成型異染色質和兼性異染色質這兩個極端之間。 兩者都在基因表達中發揮作用。 因為它是緊密堆積的，所以被認為聚合酶無法接近，因此不會被轉錄； 然而，根據 Volpe 等人的說法。 (2002)，以及此后的許多其他論文，實際上大部分 DNA 都被轉錄了，但它通過 RNA 誘導的轉錄沉默 (RITS) 不斷翻轉。 最近對電子顯微鏡和 OsO4 染色的研究表明，致密堆積不是由染色質引起的。

組成型異染色質可以影響自身附近的基因（例如位置效應雜色）。 它通常是重復的并形成結構功能，例如著絲粒或端粒，此外還充當其他基因表達或抑制信號的吸引子。

兼性異染色質是基因通過組蛋白去乙酰化或通過 RNAi 的 Piwi 相互作用 RNA (piRNA) 等機制沉默的結果。 它不重復，具有組成型異染色質的緊湊結構。 然而，在特定的發育或環境信號提示下，它可能會失去其濃縮結構并變得具有轉錄活性。

異染顏色與人類基因組某些部分中 H3K9 的二甲基化和三甲基化有關。 H3K9me3 相關的甲基轉移酶似乎在器官發生開始時的譜系定型過程中修飾異染色質和維持譜系保真度方面起著關鍵作用。

染色質有兩種類型：常染色質和異染色質。 最初，這兩種形式在細胞學上的區別在于它們被染色的強度——常染色質強度較低，而異染色質染色強度較高，表明包裝更緊密。 異染顏色通常局限于細胞核的xxx。盡管有這種早期的二分法，但最近在動物和植物中的證據表明存在兩種以上不同的異染色質狀態，實際上可能存在四種或五種狀態 ，每個都由不同的表觀遺傳標記組合標記。

異染色質主要由遺傳失活的衛星序列組成，許多基因受到不同程度的抑制，盡管有些基因根本無法在常染色質中表達。 著絲粒和端粒都是異色的，女性中第二條失活的 X 染色體的 Barr 體也是異色的。

異染色素與多種功能有關，從基因調控到保護染色體完整性； 其中一些作用可歸因于 DNA 的密集堆積，這使得通常結合 DNA 或其相關因子的蛋白質因子不易接近。 例如，裸露的雙鏈 DNA 末端通常會被細胞解釋為受損或病毒 DNA，從而觸發細胞周期停滯、DNA 修復或片段破壞，例如通過細菌中的核酸內切酶。

染色質的某些區域非常密集地排列著纖維，這些纖維顯示出與有絲分裂時染色體的狀態相當的狀態。 異染顏色一般是克隆遺傳的； 當一個細胞分裂時，兩個子細胞通常在相同的 DNA 區域內含有異染色質，從而導致表觀遺傳。 變異導致異染色質侵占相鄰基因或從域極端的基因中退去。 可轉錄材料可以通過定位（順式）在這些邊界域來抑制。 這導致表達水平因細胞而異，這可以通過位置效應雜色來證明。 在組成型異染色質和高活性基因并列的罕見情況下，絕緣子序列可能充當屏障（例如，雞 β-珠蛋白基因座上游的 5'HS4 絕緣子，以及兩個酵母屬中的基因座）。

給定物種的所有細胞都在組成型異染色質中包裝相同的 DNA 區域，因此在所有細胞中，組成型異染色質中包含的任何基因都將表達不良。 例如，所有人類染色體 1、9、16 和 Y 染色體都包含大的組成型異染色質區域。 在大多數生物體中，組成型異染色質發生在染色體著絲粒周圍和端粒附近。

包裝在兼性異染色質中的 DNA 區域在一個物種內的細胞類型之間將不一致，因此一個細胞中包裝在兼性異染色質中的序列（并且其中的基因表達很差）可能會包裝在另一個細胞的常染色質中 （并且其中的基因不再沉默）。 然而，兼性異染色質的形成受到調節，并且通常與形態發生或分化有關。