位點特異性重組，也稱為保守的位點特異性重組，是一種遺傳重組，其中DNA鏈交換發生在至少具有一定序列同源性的片段之間。 稱為位點特異性重組酶 (SSR) 的酶通過識別和結合短的特定 DNA 序列（位點）來執行 DNA 片段的重排，在這些位點上它們切割 DNA 主鏈，交換所涉及的兩個 DNA 螺旋，并重新加入 DNA 鏈。 在某些情況下，重組酶和重組位點的存在足以使反應進行； 在其他系統中，需要許多輔助蛋白和/或輔助位點。 許多不同的基因組修飾策略，在這些重組酶介導的盒式交換 (RMCE) 中，是一種將轉錄單元定向引入預定基因組位點的高級方法，都依賴于 SSR。

位點特殊重組系統具有高度特異性、快速和高效，即使面對復雜的真核基因組。 它們自然地用于各種細胞過程，包括細菌基因組復制、分化和發病機制，以及移動遺傳元件的移動。 出于同樣的原因，它們為基因工程工具的開發提供了潛在的基礎。

重組位點的長度通常在 30 到 200 個核苷酸之間，由兩個具有部分反向重復對稱性的基序組成，重組酶與其結合，并且位于發生重組的中心交叉序列的側翼。 發生重組的位點對通常是相同的，但也有例外（例如 λ 整合酶的 attP 和 attB）。

基于氨基酸序列同源性和機制相關性，大多數位點特異性重組酶分為兩個家族之一：酪氨酸 (Tyr) 重組酶家族或絲氨酸 (Ser) 重組酶家族。 這些名稱源于每類重組酶中存在的保守親核氨基酸殘基，這些重組酶用于攻擊 DNA 并在鏈交換過程中與其共價連接。 最早發現的絲氨酸重組酶家族成員被稱為分解酶或 DNA 轉化酶，而酪氨酸重組酶的創始成員 λ 噬菌體整合酶（使用 attP/B 識別位點）不同于現在眾所周知的酶，例如 Cre（ 來自 P1 噬菌體）和 FLP（來自酵母釀酒酵母）。 著名的絲氨酸重組酶包括諸如 gamma-delta 分解酶（來自 Tn1000 轉座子）、Tn3 分解酶（來自 Tn3 轉座子）和 φC31 整合酶（來自 φC31 噬菌體）等酶。

雖然兩個重組酶家族的個別成員可以進行具有相同實際結果的反應，但這些家族彼此無關，具有不同的蛋白質結構和反應機制。 與酪氨酸重組酶不同，絲氨酸重組酶是高度模塊化的，這一點首先由生化研究暗示，隨后由晶體結構顯示。 當試圖重新設計重組酶蛋白質作為基因操作的工具時，這些蛋白質結構的知識可能會被證明是有用的。

兩個 DNA 位點之間的重組始于重組酶對這些位點的識別和結合——兩個獨立的雙鏈 DNA 分子各有一個位點，或同一分子的至少兩個遠距離片段。 隨后是突觸，即將這些位點聚集在一起形成突觸復合體。 正是在這個突觸復合體中，鏈交換發生了，因為 DNA 通過受控的酯交換反應被切割和重新結合。 在鏈交換過程中，每個雙鏈 DNA 分子在識別位點交叉區域內的固定點被切割，釋放脫氧核糖羥基，而重組酶與 DNA 骨架磷酸鹽形成瞬時共價鍵。 親核絲氨酸或酪氨酸殘基的羥基之間的磷酸二酯鍵保存了切割 DNA 時消耗的能量。

存儲在該鍵中的能量隨后用于將 DNA 重新連接到另一個 DNA 分子上相應的脫氧核糖羥基。 因此，整個反應的進行不需要外部富含能量的輔助因子，例如 ATP。

盡管酪氨酸和絲氨酸重組酶的基本化學反應相同，但它們之間存在一些差異。 酪氨酸重組酶，如 Cre 或 FLP，每次在 6-8bp 交錯的點切割一條 DNA 鏈，將鏈的 3' 端連接到酪氨酸親核試劑的羥基。 然后，鏈交換通過類似于 Holliday 連接的交叉鏈中間體進行，其中僅交換了一對鏈。