ChIP 測序，也稱為 ChIP-seq，是一種用于分析蛋白質與 DNA 相互作用的方法。 ChIP-seq 將染色質免疫沉淀 (ChIP) 與大規模平行 DNA 測序相結合，以確定 DNA 相關蛋白的結合位點。 它可用于精確定位任何感興趣的蛋白質的全局結合位點。 以前，ChIP-on-chip 是用于研究這些蛋白質-DNA 關系的最常用技術。

ChIP-seq 主要用于確定轉錄因子和其他染色質相關蛋白如何影響表型影響機制。 確定蛋白質如何與 DNA 相互作用以調節基因表達對于充分了解許多生物過程和疾病狀態至關重要。 這種表觀遺傳信息與基因型和表達分析相輔相成。 ChIP-seq 技術目前主要被視為需要雜交陣列的 ChIP 芯片的替代品。 這引入了一些偏差，因為陣列僅限于固定數量的探針。 相比之下，測序被認為具有較少的偏差，盡管不同測序技術的測序偏差尚未完全了解。

與轉錄因子和其他蛋白質直接物理相互作用的特定 DNA 位點可以通過染色質免疫沉淀法分離。 ChIP 生成與感興趣的蛋白質結合的目標 DNA 位點庫。 大規模平行序列分析與全基因組序列數據庫結合使用，以分析任何蛋白質與 DNA 的相互作用模式，或任何表觀遺傳染色質修飾的模式。 這可以應用于一組可進行 ChIP 的蛋白質和修飾，例如轉錄因子、聚合酶和轉錄機制、結構蛋白、蛋白質修飾和 DNA 修飾。 作為依賴特定抗體的替代方法，已經開發出不同的方法來尋找基因組中所有核小體耗盡或核小體破壞的活性調節區域的超集，如 DNase-Seq 和 FAIRE-Seq。

ChIP 是一種強大的方法，可以選擇性地富集活細胞中特定蛋白質結合的 DNA 序列。 然而，由于缺乏足夠強大的方法來識別所有富集的 DNA 序列，這種方法的廣泛使用受到限制。 ChIP 濕實驗室協議包含 ChIP 和雜交。 ChIP 協議基本上有五個部分，有助于更好地理解 ChIP 的整個過程。 為了進行 ChIP，xxx步是使用甲醛和大量 DNA 進行交聯以獲得有用的量。 交聯發生在蛋白質和 DNA 之間，也發生在 RNA 和其他蛋白質之間。 第二步是染色質碎裂過程，將染色質打碎，最終獲得用于 ChIP 分析的高質量 DNA 片段。 應將這些片段切割成每個片段少于 500 個堿基對，以獲得基因組作圖的最佳結果。 第三步稱為染色質免疫沉淀，這是 ChIP 的簡稱。 ChIP 過程使用針對目標蛋白質的抗體增強特異性交聯的 DNA-蛋白質復合物，然后孵育和離心以獲得免疫沉淀。 免疫沉淀步驟還允許去除非特異性結合位點。 第四步是 DNA 回收和純化，通過對 DNA 和蛋白質之間交聯的反向作用將它們分離并通過提取清潔 DNA 來進行。

第五步也是最后一步是通過 qPCR、ChIP-on-chip（混合陣列）或染色質免疫沉積-測量過程對 ChIP 協議進行的分析步驟。 然后將寡核苷酸接頭添加到與感興趣的蛋白質結合的小段 DNA 中，以實現大規模并行測序。 通過分析，然后可以通過蛋白質結合的基因或區域來識別和解釋序列。

選擇大小后，使用基因組測序儀同時對所有生成的 ChIP-DNA 片段進行測序。 單次測序運行可以掃描高分辨率的全基因組關聯，這意味著可以在染色體上精確定位特征。 相比之下，ChIP 芯片需要大量的平鋪陣列來獲得較低的分辨率。

在這個測序步驟中使用了許多新的測序方法。 一些分析序列的技術可以在固體流動槽基質上使用接頭連接的 ChIP DNA 片段的簇擴增來創建每個約 1000 個克隆拷貝的簇。 通過基因組分析程序對流動池表面上生成的高密度模板簇陣列進行測序。 每個模板簇使用新型熒光標記的可逆終止核苷酸并行進行邊合成邊測序。