特定生物的新陳代謝系統決定了它會發現哪些物質有營養，哪些有毒。例如，一些原核生物使用硫化氫作為營養物，但這種氣體對動物有毒。生物體的基礎代謝率是所有這些化學反應消耗的能量的量度。

分解代謝是分解大分子的一系列代謝過程。這些包括分解和氧化食物分子。分解代謝反應的目的是提供合成分子的合成代謝反應所需的能量和組分。這些分解代謝反應的確切性質因生物而異，可以根據生物的能量和碳源（它們的主要營養組）對其進行分類，如下表所示。有機分子將有機分子用作能量來源，而石營養者則使用無機底物，而光營養者則將陽光捕獲為化學能。然而，所有這些不同形式的新陳代謝都取決于氧化還原反應，該還原反應涉及將電子從還原的供體分子（例如有機分子，水，氨，硫化氫或亞鐵離子）轉移到受體分子（例如氧，硝酸鹽或硫酸鹽）。在動物中，這些反應涉及分解為更簡單分子的復雜有機分子，例如二氧化碳和水。在光合生物中，例如植物和藍細菌，這些電子轉移反應不會釋放能量，而是用作存儲從陽光吸收的能量的方法。